结论前置：合同一式两份但只签一份，其是否生效主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实，以及是否满足法律法规或特别约定的要求。在一般情况下，只要满足合同生效的基本要素，即使只有一份合同被签字，该合同仍然可以成立并生效。但在特殊情况下，如双方有特别约定或法律有明确规定，则可能需满足额外条件才能生效。
详细分析：
合同生效的基本要素：
- 当事人具有相应民事行为能力：这是合同有效的前提。双方都必须具备独立实施民事法律行为的能力，例如成年人或未成年人在其能力范围内签订的合同。
- 意思表示真实：合同内容必须是双方自愿、真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。如果一方在签订合同时受到欺诈或胁迫，那么该合同可能因意思表示不真实而被视为无效。
- 内容合法合规：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，合同中不能包含非法交易或侵犯他人权益的内容。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同也成立。这意味着，即使只有一份合同被签字，但只要合同内容合法，双方真实意愿表达，且一方已履行主要义务并被对方接受，合同即可成立并生效。
特殊情况下的合同效力：
- 双方有特别约定：如果双方在合同中明确约定必须两份都签字才生效，那么仅签一份则合同不生效。这是因为双方通过约定设定了合同生效的特定条件，条件未成就时合同效力待定。
- 合同性质或法律规定要求：某些特殊类型的合同（如涉及重大财产处分、金融监管等）可能需要满足特定的形式或手续才能生效。这可能包括双方都完成签字手续，甚至需要相关部门的审批或备案。在这种情况下，仅签一份合同无法满足生效条件。
仅有一份合同的法律风险：
- 尽管一份合同在法律上可能是有效的，但仅持有一份可能带来证据风险。如果合同内容被单方修改，且另一方无法提供原始合同作为对照，那么修改后的合同内容可能会被视为有效，从而对未持有合同的一方产生不利影响。
- 在合同履行过程中若发生纠纷，不持有合同的一方可能会因无法及时提供证据而面临维权难题。
建议与措施：
- 为了避免上述法律风险，建议当事人在签订合同时尽量制作一式两份或多份合同，并分别由各方保管。这样可以在发生争议时提供更充分的证据支持，从而更好地保护双方的合法权益。
- 在签订合同时，应确保合同内容完整、清晰，并涵盖所有必要的条款和细节。如果合同中有特别约定或法律有明确规定，应特别注意满足这些条件以确保合同的效力。
- 如果只能签署一份合同，应确保该合同的原件能够被妥善保存，并在需要时能够提供足够的证据来证明合同的内容和双方的约定。例如，可以通过拍照、复印或扫描等方式留存合同副本。
综上所述，合同一式两份但只签一份是否生效，取决于多种因素。为了确保合同的效力并降低法律风险，建议当事人在签订合同时遵循相关法律法规和特别约定，并尽可能制作和保管多份合同副本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。