在企业破产的情况下，对于在建厂房的工程款处理，这是一个涉及多个法律程序和规则的问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、债权申报与确认

1. 及时申报债权：

   • 作为施工单位或供应商，您需要在人民法院确定的债权申报期限内，向破产管理人书面申报您的工程款债权。
   • 申报时，请务必提供充分的证据材料，如建设工程合同、工程进度证明、结算报告、发票等，以证明工程款的存在和具体金额。

2. 管理人审查与债权确认：

   • 破产管理人将对您的申报进行细致审查，核实材料的真实性、合法性及数额的准确性。
   • 如果管理人对您的债权有异议，他们会及时通知您并说明理由。此时，您可能需要补充证据或作出进一步说明。
   • 经管理人审查无异议的债权，将列入债权表并提交债权人会议核查。若债权人会议无异议，由人民法院裁定确认债权。若您对债权金额有异议，可向法院提起债权确认之诉。

二、工程款优先受偿权的行使

1. 优先受偿权的法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，建设工程的承包人就该工程折价或拍卖的价款享有优先受偿权。这一权利优先于抵押权和其他普通债权，但不得对抗已支付全部或大部分购房款的消费者。

2. 行使条件与期限：

   • 优先受偿权的行使通常需满足工程竣工、质量合格等条件。
   • 行使期限一般为自发包人应当给付建设工程价款之日起一定期限内（具体期限可能因地区或特定情况有所不同，请参照当地法律法规）。您需在此期限内行使权利，否则可能丧失。

3. 受偿顺序与方式：

   • 在破产财产分配时，享有优先受偿权的工程款债权将优先于普通债权受偿。
   • 一般通过对建设工程进行折价或拍卖，所得价款用于清偿工程款债权。若价款不足以清偿全部工程款，未受清偿部分将作为普通债权参与破产财产分配。

三、破产财产的清偿顺序

• 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，将按照以下顺序清偿：

  1. 破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及基本养老保险、基本医疗保险费用等。
  2. 破产人欠缴的社会保险费用和税款。
  3. 普通破产债权，包括未设定优先受偿权的工程款。

• 若破产财产不足以清偿同一顺序的债权，将按比例分配。

四、特殊情况处理与法律救济途径

1. 特殊情况处理：

   • 如果工程款涉及农民工工资或其他需要特别保护的社会公共利益，可能会受到法律的特殊保护。政府或相关部门也可能介入以确保这些特殊债权的妥善处理。
   • 若工程项目存在质量问题或与破产公司有其他纠纷，可能影响工程款的支付。此时，您需要通过法律途径解决争议，争取权益。

2. 法律救济途径：

   • 如果您对破产管理人的债权认定或分配方案有异议，可以通过法律途径提出异议或提起诉讼。
   • 同时，您也可以考虑与破产企业进行协商，寻求和解或其他解决方案。

五、建议与总结

• 及时行动：在企业破产的情况下，时间就是金钱。您应尽快申报债权，并密切关注破产程序的进展。
• 保留证据：确保您保留所有与工程款相关的证据材料，以便在需要时提供证明。
• 寻求专业帮助：破产案件涉及复杂的法律程序和规则，建议您寻求专业律师的帮助，以最大程度保障自己的合法权益。

综上所述，企业破产时在建厂房的工程款处理需要遵循法定程序，包括债权申报、审查确认、优先受偿权行使及参与破产分配等。您应及时申报债权、提供证据材料，并积极参与到破产程序中来维护自身的合法权益。