关于项目验收报告上加盖项目部章是否有效的问题，这并非一个可以一概而论的简单判断，而是需要依据具体情况来综合考量。

首先，我们要明确的是，项目部章的效力并不完全取决于印章本身是否进行了工商备案。关键在于，这个印章是否在项目部的日常运作过程中被长期正常使用，或者是由项目负责人、授权委托人，甚至是表见代理人所加盖。如果满足这些条件，那么项目部章在对外交往中，通常是可以代表该企业和项目部的，从而对该企业和项目部产生法律约束力。

以您提供的案例为例，虽然宜春市某公司辩称欠条中的项目部印章与其单位刻制备案的项目部印章不同，但法院最终认定，由于该印章在项目部的其他经济往来中已经被正常使用，并且是由授权委托人加盖的，因此该欠条具有合法有效性。这一判决结果充分说明了，项目部章的效力并非仅仅取决于印章的备案情况，更重要的是其在实际使用中的合法性和有效性。

然而，这并不意味着在任何情况下，项目部章都可以替代公司公章。特别是在一些涉及重大权益变更、合同签订等关键环节，通常还是需要加盖公司公章以确保合同的合法性和有效性。因此，在具体操作中，我们需要根据项目的实际情况、公司的规定以及相关法律法规的要求，来合理选择使用项目部章还是公司公章。

综上所述，项目验收报告上加盖项目部章是否有效，需要依据具体情况来判断。如果项目部章在项目部的日常运作中被长期正常使用，或者是由项目负责人、授权委托人加盖的，并且该印章在其他对外经济往来或具有公示效力的场合也被使用过，那么该印章在项目验收报告上通常是有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，建议在涉及重大权益变更、合同签订等关键环节时，还是加盖公司公章为宜。