确定父子关系是一个涉及法律、家庭和社会多个层面的问题，下面我将从几个方面为您详细解答：
一、法律层面的确定
出生证明：
- 出生证明是确定父子关系最直接、最有效的法律文件。它记录了孩子的出生时间、地点以及父母的信息，是法律上认可父子关系的重要依据。
亲子鉴定：
- 当出生证明无法提供或存在争议时，亲子鉴定成为确定父子关系的关键手段。亲子鉴定通过比较父亲和孩子的DNA序列，以科学的方式确认父子关系。
- 需要注意的是，亲子鉴定应双方自愿进行，但在某些法律程序中（如诉讼中），如果一方无正当理由拒绝配合，法院可能根据相关证据推定不利事实成立。
法律程序：
- 在涉及父子关系的法律纠纷中，如离婚、继承等，法院会根据相关证据和法律规定来确认父子关系。
- 如果一方对父子关系提出异议，并提供了初步证据，而另一方无法提供反驳证据或拒绝配合亲子鉴定，法院可能根据证据规则推定父子关系存在或不存在。
二、社会层面的确定
户口簿：
- 户口簿是记录家庭成员关系的重要社会文件。在户口簿上注明父子关系，是社会层面确认父子关系的一种方式。
- 如果父子双方在同一户口簿上，且关系栏注明为“父子”，则这通常被视为父子关系的社会认可。
- 但需要注意的是，户口簿上的关系信息可能因迁移、分户等原因而发生变化，且在某些情况下（如集体户），可能无法直接注明父子关系。
社会习俗和认可：
- 在某些社会习俗中，父子关系可能通过共同生活、姓氏传承、家族聚会等方式得到确认和强化。
- 社会认可虽然不是法律上的确定方式，但在日常生活中，它对于维护家庭和谐和社会稳定具有重要意义。
三、实际操作建议
收集证据：
- 如果您需要确定或证明父子关系，首先应收集相关证据，如出生证明、亲子鉴定报告、户口簿等。
- 如果证据不足或存在争议，可以考虑通过法律程序来解决。
咨询专业机构：
- 在涉及父子关系的法律问题中，建议咨询专业律师或法律机构，以获取更准确、更全面的法律建议。
尊重家庭成员意愿：
- 在确定父子关系的过程中，应尊重家庭成员的意愿和感受，避免造成不必要的伤害和冲突。
四、针对您提供的具体情境
- 对于您提到的户口迁移和父子关系注明问题，根据深圳市公安局的回复，集体户户口簿上无法注明亲子关系，因为户口卡上与户主关系信息为“非亲属”。
- 如果您在深圳有了独立户，且您的儿子通过投靠等方式将户籍迁入该家庭户，那么户口簿上可以注明父子关系。
- 关于房屋继承问题，如果您的儿子未能成功入户深圳，但未来想继承您在深圳的房产，这主要取决于房产的继承法律规定和您的遗嘱安排。建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
综上所述，确定父子关系需要综合考虑法律、社会和实际操作等多个方面。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业机构或律师。