协商解除合同的补偿通常是按照应发工资来计算的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
- 应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。
- 实发工资：即通常所说的现金收入，是扣除社保、公积金、个税等项目后的实际到手金额。
三、赔偿金计算基数的确定
根据上述法律规定，赔偿金的计算基数应为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均应发工资，而不是实发工资。应发工资包含了劳动者在正常工作时间内的劳动报酬以及可能获得的奖金、津贴和补贴等，更能全面反映劳动者的收入水平。
四、具体应用与注意事项
计算方式：
- 经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（应发工资的平均值）
- 例如，某员工在公司工作了3年，劳动合同解除前十二个月的平均应发工资为8000元，则经济补偿金为3 × 8000 = 24000元。
特殊情况：
- 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
协商过程中的注意事项：
- 在协商解除劳动合同时，双方应明确补偿事宜，包括补偿金的计算基数、支付方式和时间等，确保符合法律规定和双方权益。
- 建议签订书面的解除劳动合同协议书，并在其中详细列明经济补偿金的相关条款，以避免后续纠纷。
五、实际操作建议
- 了解法律规定：在协商解除劳动合同时，无论是用人单位还是劳动者，都应充分了解相关法律法规，确保自身权益不受损害。
- 保留证据：在协商过程中，双方应保留好相关的证据材料，如协商记录、协议书等，以备不时之需。
- 咨询专业人士：如果双方对补偿金的计算或支付存在争议，可以咨询专业律师或劳动争议调解机构，以获取更准确的法律意见和帮助。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤或合同纠纷的问题，可以直接向我咨询。