结论：在公司已注销的情况下，若诈骗人骗取公司3000万元且判决认定诈骗罪成立，申请返还追缴的款项需通过刑事执行程序进行，同时需考虑公司注销后的权利义务承受问题。以下从多个角度详细分析：
一、刑事执行程序中的返还追缴
执行依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。在诈骗罪成立的情况下，法院会判决追缴诈骗所得财物或责令退赔给被害人。
执行主体：
- 刑事执行程序中的返还追缴通常由法院执行部门负责。在判决生效后，被害人或其合法继承人可以向法院申请执行，要求追缴诈骗所得并返还。
执行流程：
- 提交执行申请：被害人或其合法继承人需向法院提交执行申请书，并提供相关证据材料，如判决书、身份证明等。
- 法院审查：法院会对执行申请进行审查，确认申请人的身份和申请事项的合法性。
- 执行措施：法院会采取必要的执行措施，如查询、冻结、划拨被执行人的财产等，以追缴诈骗所得。
- 返还财物：追缴到诈骗所得后，法院会及时返还给被害人或其合法继承人。
二、公司注销后的权利义务承受
公司注销的法律后果：
- 公司注销后，其法人资格终止，不再享有民事权利和承担民事义务。然而，在公司注销前存在的债权债务关系，并不会因公司注销而自动消灭。
权利义务承受主体：
- 在公司注销的情况下，若存在未了结的债权债务关系，通常由公司的股东、出资人或清算组作为权利义务承受主体。具体来说，如果公司注销时进行了清算，且清算组未依法履行通知和公告义务导致债权人未及时申报债权的，债权人可以主张清算组成员对因此造成的损失承担赔偿责任。如果公司未经清算即办理注销登记导致公司无法进行清算的，债权人可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
申请返还追缴的特别考虑：
- 在公司已注销的情况下，申请返还追缴的款项时，需要明确权利义务承受主体。如果公司注销时进行了合法清算，且清算组已依法履行了通知和公告义务，那么被害人或其合法继承人应向清算组或公司的股东、出资人主张权利。如果公司未经清算即办理注销登记，那么被害人或其合法继承人可以直接向公司的股东、董事、控股股东或实际控制人主张权利。
三、实际操作建议
收集证据：
- 收集与诈骗案件相关的所有证据材料，包括判决书、公司注销证明、股东信息、清算报告等。
确定权利义务承受主体：
- 根据公司注销的具体情况，确定权利义务承受主体是清算组、股东、出资人还是其他相关人员。
提交执行申请：
- 向法院提交执行申请书，并附上相关证据材料。在申请书中明确请求追缴诈骗所得并返还给被害人或其合法继承人。
跟进执行进展：
- 与法院执行部门保持沟通，及时了解执行进展情况。如果遇到执行障碍或困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
特别提醒：在整个过程中，务必确保所有操作都符合法律法规的规定，避免因操作不当而引发新的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。