合同双方签署作废协议后，原债权债务的处理需根据作废协议的具体约定及法律性质综合判断，核心结论如下：

1. 若作废协议明确约定原债权债务消灭
   根据《民法典》第557条，债权债务终止的情形包括“债务相互抵销”“债务人依法将标的物提存”“债权人免除债务”等。若双方在作废协议中明确约定“原合同项下债权债务全部消灭”，且无其他保留条款（如部分履行、违约金等），则原债权债务自协议生效时终止。
   注意：需确保作废协议无“附条件终止”或“部分终止”等特殊约定，否则可能仅部分债务消灭。

2. 若作废协议仅约定原合同失效，但未明确债权债务处理方式
   此时需分情况讨论：

   • 原合同已履行完毕：若双方已按原合同完成全部义务（如付款、交货），则作废协议仅确认合同关系终止，不影响已履行的债权债务效力。
     
   • 原合同未履行或部分履行：根据《民法典》第566条，合同解除后，尚未履行的终止履行；已履行的，可要求恢复原状或采取其他补救措施。例如，若买方已支付货款但卖方未交货，买方可要求返还货款；若卖方已交货但买方未付款，卖方可要求支付货款及违约金（若作废协议未明确放弃）。
     

3. 若作废协议涉及第三方权益或需履行特定程序

   • 担保债务：若原债权债务附有担保（如抵押、质押、保证），作废协议需明确担保责任是否一并解除。根据《民法典》第388条，担保合同是主债权债务合同的从合同，主合同解除后，担保人对债务人应当承担的民事责任仍应当承担担保责任（除非当事人另有约定）。
     
   • 需登记/公示的债权：如不动产抵押、股权质押等，需办理注销登记手续，否则担保权仍存续，可能影响第三方权益。
     
   • 涉外合同：若涉及跨境交易，需遵守《涉外民事关系法律适用法》及国际条约，可能需通过司法协助或仲裁程序确认债权债务状态。
     

实务建议：

• 签署作废协议前，务必明确约定原债权债务的处理方式（如“全部消灭”“部分保留”“折价抵销”等），避免歧义。
  
• 若涉及复杂交易（如担保、涉外、多方合同），建议同步签署《债务清偿协议》或《结算协议》，细化权利义务。
  
• 完成作废协议签署后，及时办理担保注销、款项结算等手续，确保法律状态与实际履行一致。
  

如有具体合同条款或交易背景需进一步分析，可直接向我提供细节，我会结合法律条文与实务经验为您详细解答。