当被告被申请破产清算时，正在审理的案件通常会按以下方式处理，我将分情况为您详细说明：

1. 中止审理，待管理人接管后恢复或终结
   根据《企业破产法》第20条，若案件涉及债务人（被告）的财产或权利义务，法院会裁定中止审理。此时需等待破产管理人接管企业财产和事务后，根据管理人的决定恢复审理或终结案件。例如：

   • 若案件是债务人作为被告的普通民事诉讼（如合同纠纷），管理人可能选择继续应诉，法院恢复审理；
     
   • 若案件涉及债务人无财产可供执行（如已资不抵债），管理人可能申请终结案件，法院裁定后诉讼程序终止。

2. 诉讼性质决定处理方式

   • 破产债权确认之诉：若原告主张的债权需通过破产程序受偿（如未决诉讼债权），法院会告知原告向管理人申报债权，并可能将诉讼并入破产程序中的债权确认流程。
     
   • 取回权纠纷：若原告主张对债务人特定财产享有取回权（如所有权争议），法院会继续审理并作出判决，但判决需通过破产管理人实际执行。
     
   • 撤销权纠纷：若案件涉及管理人申请撤销债务人不当处分行为（如偏颇性清偿），法院会优先审理并作出裁定，以保障破产财产完整性。

3. 特殊情形：破产申请被驳回或终结
   若法院最终裁定不受理破产申请或终结破产程序（如债务人重整成功），原诉讼案件恢复审理，法院会继续完成实体审理并作出判决。

实务建议：

• 若您是原告，需及时向管理人申报债权或提交诉讼材料，避免因程序衔接延误权利主张；
  
• 若您是被告（债务人），应配合管理人工作，如实披露案件信息，避免因隐瞒导致程序违法；
  
• 无论何种角色，均需关注法院与管理人的沟通协调，确保案件处理与破产程序同步推进。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合案情进一步解答。