结论：协商离职是否需要等待，以及是否需要提交离职申请，主要取决于双方协商的结果和公司的具体规定。但通常来说，协商离职不需要长时间等待，且不一定需要单独提交离职申请，关键在于确保双方的权利和义务得到明确，并以书面形式确认协商结果。

协商离职的本质与流程

协商离职，本质上是用人单位与劳动者通过平等协商，就解除劳动合同的相关事宜达成一致意见的过程。这种解除方式强调双方的合意，只要双方签订协商解除劳动合同协议，并明确约定解除的时间、补偿等关键条款，该协议即具有法律效力，双方需按约履行。因此，协商离职本身并不需要长时间等待，一旦双方就离职条件达成一致，即可按照协议执行。

离职申请的性质与作用

离职申请一般是劳动者单方面向用人单位提出离职的意思表示。它不同于协商解除劳动合同中的双方合意。在某些情况下，用人单位可能出于内部管理流程和档案记录的需要，要求劳动者提交离职申请。但这并不意味着协商离职必须提交离职申请。如果公司要求提交，劳动者可以在申请中注明是基于协商一致解除劳动合同，以避免产生误解。

不同情况下的处理建议

1. 公司无特殊要求时：

   • 如果公司没有特殊要求，劳动者无需单独提交离职申请。双方只需签订协商解除劳动合同协议，明确解除时间、补偿等关键条款即可。

2. 公司有特殊要求时：

   • 如果公司出于内部管理需要，要求劳动者提交离职申请，劳动者可以按照要求提交。但务必在申请中注明是基于协商一致解除劳动合同，以避免后续纠纷。

3. 关于等待时间：

   • 协商离职的等待时间主要取决于双方协商的结果。如果双方能够迅速就离职条件达成一致，那么等待时间将非常短。
   • 如果双方在协商过程中存在分歧，可能需要更长时间来达成一致。但这并不意味着协商离职本身需要长时间等待，而是取决于双方协商的效率和结果。

法律建议与风险提示

• 确保协商结果的书面化：无论是否需要提交离职申请，双方都应就解除的具体事宜进行明确约定，并以书面形式予以确认。这是保障双方权益的关键步骤。
• 及时沟通与确认：如有疑问或不明确之处，劳动者应及时与用人单位沟通，明确权责归属，避免后续纠纷。
• 注意保留证据：在协商离职过程中，劳动者应注意保留相关证据，如协商记录、协议文本等，以备不时之需。

总结来说，协商离职是否需要等待以及是否需要提交离职申请，主要取决于双方协商的结果和公司的具体规定。但无论如何，双方都应确保协商结果的明确性和书面化，以保障各自的权益。如果你在协商离职过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。