工程质保金并不直接算作在建工程的成本或价值部分，而是作为工程价款结算后预留的一部分资金，用于保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。以下是对这一问题的详细解释：

一、工程质保金的定义与性质

工程质保金，即质量保证金，是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留一定比例的资金。这笔资金的主要目的是确保承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行及时维修，从而保障工程的质量。质保金并不直接构成在建工程的一部分，而是在工程竣工结算后，根据合同约定从工程价款中预留出来的。

二、工程质保金的预留比例与金额

根据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，质保金的预留比例通常不得超过工程价款结算总额的3%。具体预留比例由发包人与承包人在合同中明确约定，并应考虑工程性质、合同条件及行业惯例等因素。例如，若工程价款结算总额为1000万元，则质保金预留金额最多不能超过30万元（1000万×3%）。

三、工程质保金与在建工程的关系

1. 在建工程成本构成：在建工程的成本通常包括直接成本（如材料费、人工费等）和间接成本（如管理费、税费等）。质保金并不直接计入这些成本中，而是在工程竣工结算后，作为工程价款的一部分进行预留。

2. 质保金的作用：质保金的主要作用是保障工程在缺陷责任期内的质量。如果工程在缺陷责任期内出现质量问题，发包人有权从质保金中扣除维修费用；如果质保金不足以支付维修费用，发包人还可以继续向承包人追偿。

3. 质保金的返还：缺陷责任期满后，如果工程没有出现质量问题或者承包人已经按照合同约定对质量问题进行了维修，发包人应在规定时间内将质保金本息一并返还给承包人。

四、实际案例说明

假设某建筑项目合同总价为500万元，双方约定质保金预留比例为2%，缺陷责任期为1年。那么：

• 质保金金额：500万元 × 2% = 10万元
• 预留与返还：项目竣工验收合格后，发包人预留10万元作为质保金。缺陷责任期满且确认无质量问题后，发包人需在14天内返还10万元质保金。

五、注意事项

1. 合同条款明确性：在签订合同时，应明确约定质保金的比例、扣留方式、返还时间及争议解决机制等关键条款，以避免后续纠纷。

2. 税务处理：质保金属于工程款的一部分，需按规定开具发票并缴纳税款。

3. 风险防控：承包人应保留工程验收记录、维修凭证等文件，以便在质保金被不合理扣减时提供证据进行维权。

综上所述，工程质保金并不直接算作在建工程的成本或价值部分，而是作为工程价款结算后预留的一部分资金。如果你在工程质保金方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。