结论：一般情况下，不能直接申请自然人股东破产，但在特定条件下可能存在例外情况。
根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。这意味着，在正常情况下，公司的债务应由公司以其自身财产承担，股东仅在其出资范围内承担有限责任，债权人不能直接要求股东以个人财产偿还公司债务，更不能直接申请股东破产。
尽管存在股东有限责任原则，但在某些特定情况下，股东可能需要对公司债务承担连带责任。这些情形包括但不限于：
股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的：根据《中华人民共和国公司法》第二十条，如果股东实施了滥用公司法人独立地位和股东有限责任的行为，如人格混同、过度支配与控制、资本显著不足等，导致公司无法清偿债务，债权人可以要求股东对公司债务承担连带责任。在这种情况下，如果股东的个人财产足以清偿债务，债权人可以通过诉讼等方式要求股东偿还债务，但仍然不能直接申请股东破产，而是需要通过执行程序来实现债权。
股东未履行或未全面履行出资义务：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第十三条，如果股东未履行或者未全面履行出资义务，公司或者其他股东可以请求其向公司依法全面履行出资义务，公司债权人也可以请求未履行或者未全面履行出资义务的股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。在这种情况下，债权人同样需要通过诉讼和执行程序来追究股东的责任，而不能直接申请股东破产。
虽然一般情况下不能直接申请自然人股东破产，但如果股东本身也是债务人，且其个人财产不足以清偿个人债务，那么其债权人可以根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，向人民法院提出对股东进行重整或者破产清算的申请。然而，这种情况与债权人因公司债务而申请股东破产是不同的，它基于的是股东个人的债务状况，而非公司的债务状况。