结论前置：在计算经济补偿时，加班工资通常不计入其中。这一结论是基于《中华人民共和国劳动合同法》及其实施条例的相关规定，并结合司法实践得出的。
一、法律依据与解释
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：
- 该条例明确规定，劳动合同法第四十七条所述的经济补偿的月工资，是按照劳动者应得工资来计算的，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
- 然而，该条例并未将加班工资纳入经济补偿的计算基数之中。
加班工资的性质：
- 加班工资是劳动者因提供额外劳动而获得的报酬，它不属于正常工作时间的工资范畴。
- 加班工资的数额往往不固定，具有较大的不确定性，因此不适合作为经济补偿的计算基数。
二、司法实践观点
- 在司法实践中，普遍认为经济补偿的月工资应指的是劳动者在正常工作时间内提供正常劳动所获得的报酬。
- 加班工资作为额外劳动的收入，其性质与经济补偿的目的不符，因此通常不被纳入经济补偿的计算基数。
三、具体计算方式与实例
计算方式：
- 经济补偿的月工资基数应为劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，但这里的“平均工资”指的是劳动者的应得工资，不包括加班工资。
- 加班工资是按照加班时长和工资标准单独计算的，与经济补偿的计算分开处理。
实例说明：
- 假设某劳动者离职前12个月的平均工资中包含每月加班工资5000元和正常工作时间工资8000元。
- 在计算经济补偿时，应以8000元作为月工资基数，而非包含加班工资后的13000元。
四、特殊情况处理
恶意规避责任：
- 如果用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以规避经济补偿金支付责任的情况，那么该部分被错误归类为“加班工资”的收入仍应计入经济补偿金的计算基数。
- 劳动者在面对此类情况时，需要提供充分证据来支持其主张，如工资单、考勤记录、劳动合同等。
地区差异：
- 虽然大多数地区的司法实践遵循上述原则，但不同地区在具体操作上可能存在细微差异。
- 因此，在实际应用中还需结合当地的具体法律法规和司法实践进行判断。
五、法律建议
- 对于劳动者而言，在离职前应仔细核对自己的工资单和考勤记录，确保加班工资的计算准确无误。
- 如果发现用人单位存在恶意规避经济补偿金支付责任的行为，应及时收集证据并向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规的规定，合理计算并支付经济补偿金，避免不必要的法律纠纷。
总结：综上所述，加班工资在计算经济补偿时通常不计入其中。这一做法既符合法律法规的精神，也体现了司法实践中的主流观点及公平合理原则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。