结论：车祸中，即使单位在误工期间仍发放工资，您仍有权要求赔偿误工费，但需注意年终奖的扣除情况可能影响最终赔偿金额。

法律分析：

1. 误工费的基本概念： 误工费是指因交通事故导致受害人无法正常工作而减少的收入。这包括工资、奖金、津贴等所有与工作相关的收入。根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定。

2. 单位发放工资与误工费的关系： 即使单位在误工期间仍发放基本工资，这并不影响您要求赔偿误工费的权利。因为误工费赔偿的是您因事故导致的实际收入减少，而不仅仅是工资。如果您的收入中还包括奖金、津贴等其他部分，且这些部分因事故而减少或丧失，您同样有权要求赔偿。

3. 年终奖扣除的影响： 年终奖通常被视为员工收入的一部分，且往往与员工的工作表现、出勤情况等因素挂钩。如果车祸导致您无法正常工作，进而影响了年终奖的发放，那么这部分减少的收入也应纳入误工费的赔偿范围。然而，具体赔偿金额可能需要根据年终奖的发放条件、您的实际工作情况以及事故对年终奖的具体影响等因素进行综合判断。

4. 赔偿金额的计算：

   • 误工时间：根据医疗机构出具的证明确定，如住院时间、休养时间等。
   • 收入状况：根据您的实际收入情况确定，包括工资、奖金、津贴等。如果您的收入不固定，可以参照当地相同或相近行业上一年度职工的平均工资计算。
   • 计算公式：误工费 = 误工时间 × 收入状况（日或月收入）。如果年终奖因事故而减少，需将减少的部分纳入计算。

建议与行动：

1. 收集证据：

   • 保留好医疗机构出具的证明，以证明您的误工时间。
   • 收集您的工资单、奖金发放记录等，以证明您的实际收入情况。
   • 如果可能，获取单位关于年终奖发放条件的说明或政策文件，以证明年终奖与事故之间的关联性。

2. 与保险公司或肇事方协商：

   • 在收集好证据后，您可以先与保险公司或肇事方进行协商，尝试达成赔偿协议。
   • 在协商过程中，明确提出您的误工费赔偿要求，并附上相关证据。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或提起诉讼。
   • 在此过程中，建议您咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。

后续思考：

• 在处理此类案件时，需特别注意证据的收集和保存，因为证据是支持您赔偿要求的关键。
• 同时，也要了解当地的相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。