林地流转协议书中所指的流转，主要是流转林地的使用权以及林木的所有权和使用权。具体来说，林权流转是指林地、林木的所有权人或使用权人，依法将其可以流转的林地使用权、林木所有权和使用权，全部或部分地转移给其他公民、法人或其他组织的行为。

在流转过程中，遵循的是自愿、平等、公开、依法的原则，流转方式可以包括承包、租赁、转让、互换等，同时也可以依法进行继承、担保、入股或作为合资、合作的条件。流转的期限也有明确规定，例如自留山的最长流转期限不超过70年，承包山的流转期限不超过原承包期限，如果发生再次流转，流转期限则不超过原流转期限的剩余期限。

此外，对于集体林地的流转，还有更为详细的规定。比如，集体林地经营权流转应当遵循公平、公正、协商一致的原则，且任何组织和个人都不得强迫或阻碍林地经营权的流转。同时，流转不得非法改变林地所有权性质和林地用途，也不得非法毁坏森林、林木、林地。在流转程序上，也有明确的规定，包括流转的最小单元、流转的程序和条件等，以保障流转行为的依法合规。

总的来说，林地流转协议书中的流转，涉及的是林地使用权和林木所有权、使用权的转移，这一过程中需要遵循一系列的原则和规定，以确保流转的合法性和合规性，保护流转双方的合法权益。