货款对账协议书可以使用合同专用章，但需结合具体情况判断其法律效力及适用性。以下从不同角度展开分析：

1. 合同专用章的法律效力
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。合同专用章是公司专门用于签订合同的印章，在合同签订场景中具有法律效力。若货款对账协议书本质属于对双方债权债务的确认文件（可视为合同的一种形式），加盖合同专用章通常能证明双方对协议内容的认可，具有法律效力。

2. 对账协议的特殊性需注意
   对账协议的核心功能是“确认债务金额及状态”，而非设立新的权利义务关系。若协议内容仅涉及对已有货款的核对、确认（如“截至X年X月X日，甲方欠乙方货款XX元”），且双方已通过其他合同（如买卖合同）明确权利义务，此时加盖合同专用章虽合法，但更严谨的做法是使用财务专用章或公章（因财务专用章直接关联债务确认，公章则代表公司最高效力认可）。若对账协议中包含还款计划、违约责任等新条款（如“甲方需于X日前支付，逾期按日0.1%计息”），则属于对原合同的补充或变更，此时加盖合同专用章完全合法。

3. 实务中的风险防范建议

   • 印章一致性：确保加盖的合同专用章与公司备案印章一致，避免使用部门章、业务章等非备案印章，否则可能因印章效力争议导致协议无效。
     
   • 签字配套：建议由法定代表人或授权代表签字，与印章形成“双确认”，增强协议证明力。
     
   • 内容明确：对账协议需清晰写明对账主体、金额、时间、争议解决方式等关键条款，避免因内容模糊引发纠纷。
     
   • 公司章程审查：若公司章程对印章使用有特殊规定（如“对账需加盖财务章”），需优先遵守内部规定，否则可能因越权用章导致协议效力瑕疵。

总结：货款对账协议书可加盖合同专用章，但需结合协议内容（是否涉及新权利义务）、公司章程及实务风险综合判断。若您需进一步确认协议效力或起草/审查对账协议，可直接向我提供具体条款，我将结合《民法典》及司法实践为您详细分析。