三方签订的协议如果与《民法典》有冲突，该协议在冲突范围内的条款是无效的，但协议中其他不冲突的部分仍然具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：
协议与法律冲突的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。”这意味着，如果三方签订的协议中的某些条款违反了《民法典》的强制性规定或公序良俗，那么这些条款将被视为无效。
- 无效条款自始没有法律约束力，但这并不影响协议中其他有效条款的效力。其他条款只要符合法律规定，仍然对三方具有约束力。
协议部分无效的处理：
- 当协议中的部分条款被认定为无效时，三方可以根据实际情况协商修改协议，以消除无效条款的影响。
- 如果三方无法就修改协议达成一致，且无效条款对协议目的的实现具有重大影响，那么整个协议可能会被视为无效。但这种情况较为少见，通常只有当无效条款是协议的核心条款时才会发生。
实际操作中的建议：
- 在签订三方协议前，各方应仔细审查协议内容，确保协议条款不违反《民法典》及其他相关法律法规的规定。
- 如果发现协议中存在与法律冲突的条款，应及时提出并协商修改，以避免后续的法律纠纷。
- 在协议履行过程中，如果发生争议且争议与协议中的无效条款有关，各方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商无果，可以寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
举例说明：
假设三方签订了一份合作协议，其中约定了某一方在合作期间不得从事与合作业务相竞争的活动，但该约定违反了《民法典》中关于反不正当竞争的相关规定（如限制了该方的正当经营自主权）。在这种情况下，该约定将被视为无效，但协议中的其他条款（如合作方式、利润分配等）仍然有效。如果因此发生争议，各方应首先协商修改协议或就无效条款的影响进行协商处理；如果协商无果，可以依法提起诉讼或申请仲裁。
综上所述，三方签订的协议如果与《民法典》有冲突，在冲突范围内的条款是无效的，但协议中其他不冲突的部分仍然具有法律效力。在签订和履行协议过程中，各方应严格遵守法律法规的规定，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。