被申请人不能仅以证据涉及商业秘密为由，拒绝向申请人提供证据副本。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律原则与规定
在知识产权及一般民事诉讼中，证据的提供与交换是诉讼程序的重要环节。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有义务向法院提交证据，并在必要时向对方当事人在法院主持下进行证据交换。商业秘密虽受法律保护，但并非绝对免除证据提供义务的理由。
二、商业秘密的保护与证据提供
商业秘密的保护：商业秘密是企业的重要资产，受《反不正当竞争法》等法律的保护。然而，这种保护并不意味着在诉讼中可以完全拒绝提供涉及商业秘密的证据。
证据提供的例外：在涉及商业秘密的证据提供上，法律通常规定了一定的例外和限制。例如，可以通过申请法院采取保密措施（如密封送达、限制查阅人员等）来保护商业秘密，而非直接拒绝提供。
法院的裁量权：法院在处理涉及商业秘密的证据时，会根据案件的具体情况，权衡证据的重要性、商业秘密的保护需求以及诉讼的公正性，作出合理的裁量。
三、被申请人的义务与责任
提供证据的义务：作为诉讼的一方，被申请人有义务按照法院的要求提供证据。如果拒绝提供，可能会面临法院的处罚，如罚款、拘传等。
商业秘密的合理保护：被申请人可以在提供证据的同时，向法院申请采取保密措施，以合理保护其商业秘密。
法律后果：如果被申请人无正当理由拒绝提供证据，且该证据对案件的审理具有重要影响，法院可能会根据现有证据作出对被申请人不利的判决。
四、实际操作建议
与申请人协商：在可能的情况下，被申请人可以与申请人协商，寻求在保护商业秘密的前提下提供证据的方式。
申请法院采取保密措施：如果协商无果，被申请人可以向法院申请采取保密措施，以确保商业秘密在诉讼过程中不被泄露。
准备替代证据：如果涉及商业秘密的证据确实无法提供，被申请人可以考虑准备其他替代证据来支持其主张。
综上所述，被申请人不能仅以证据涉及商业秘密为由拒绝向申请人提供证据副本。在处理涉及商业秘密的证据时，被申请人应遵守法律规定，积极与法院和申请人沟通，寻求合理的解决方案。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。