已经超过年限可以公用的歌曲，如果主旋律被人套用了，并不能直接申请版权。下面我来详细解释一下这个问题：

首先，我们需要明确“已经超过年限可以公用的歌曲”指的是什么。这通常指的是那些版权保护期限已经届满，进入公有领域的作品。这些作品不再受版权保护，任何人都可以自由使用，包括其主旋律。

接下来，我们分析“主旋律被人套用了”这一行为。套用主旋律，即在新作品中使用了原有作品的主旋律部分。在版权法上，这通常涉及到对原创性的要求。原创性是指作品必须是由作者独立创作的，具有独创性。如果新作品仅仅是对原有作品主旋律的简单复制或模仿，而缺乏足够的原创性，那么它可能无法获得版权保护。

最后，我们来看“是否可以申请版权”这一问题。版权申请的前提是作品具有原创性，并且符合版权法规定的其他要求。如前所述，如果新作品仅仅是对原有作品主旋律的套用，而缺乏足够的原创性，那么它可能无法获得版权保护。因此，即使原歌曲已经进入了公有领域，新作品也不能仅仅因为套用了其主旋律就申请版权。

综上所述，已经超过年限可以公用的歌曲，如果主旋律被人套用了，并不能直接申请版权。新作品必须具有足够的原创性，并且符合版权法规定的其他要求，才能申请并获得版权保护。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。