软著申请代理委托书不可以盖电子章。在软著申请过程中，系统无法识别电子章或电子签名，如果使用了电子章或电子签名，申请可能会被判定为需要补正，甚至可能导致申请费用不退还。因此，为了确保申请的顺利进行，建议在软著申请代理委托书上加盖真实的章，并签署真实的字。

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