当用户提出对计算机软件著作权的质疑时，可以从以下几个方面进行详细、清晰的解答，以确保用户能够充分理解并妥善处理相关问题。

一、明确软件著作权的归属与合法性

首先，要确认软件著作权的归属及权利的有效性。这通常涉及提供软件著作权登记证书等相关证明文件。如果用户是软件的开发者或所有者，应准备好这些法律文件以便在需要时展示。如果软件是合作开发的，还需清晰说明各方的权利份额及授权情况，确保所有权利人的权益得到妥善保护。

二、解释软件著作权的重要性

接下来，要解释软件著作权在保护软件原创性、独占性方面的重要作用。强调软件著作权能够避免抄袭和侵权纠纷，对维护软件的价值、保障开发者的权益以及提升招标项目的质量和安全性具有重要意义。这有助于用户理解为何在招标等商业活动中，软件著作权是一个重要的考量因素。

三、应对质疑的流程与方式

当用户面临对软件著作权的质疑时，应告知他们质疑的处理流程。这通常包括：

1. 提交书面质疑材料：要求质疑方以书面形式提出质疑，并附上相关证据或依据。
2. 明确答复时间：在收到质疑后，应在规定的时间内进行答复和处理，以确保问题得到及时解决。
3. 邀请参与知识产权审查：在必要时，可邀请质疑方参与相关的知识产权审查过程，以增加透明度和公正性。
4. 提供进一步证据支持：如果质疑方提出了具体的质疑点，应提供进一步的证据或解释来支持自己的立场。

四、额外建议与注意事项

1. 保持沟通：与质疑方保持积极、开放的沟通态度，有助于增进理解并减少误解。
2. 咨询专业律师：在处理复杂的法律问题时，建议咨询专业的知识产权律师以获取更专业的法律意见。
3. 保护自身权益：在回应质疑的同时，也要注意保护自己的合法权益，避免泄露敏感信息或做出不利于自己的承诺。

综上所述，当用户提出对计算机软件著作权的质疑时，应通过明确归属与合法性、解释重要性、告知处理流程以及提供额外建议与注意事项等方式进行全面、详细的解答。这有助于用户更好地理解问题并妥善处理相关争议。