当然可以，案件标的当事人是可以进行协商的。在涉及知识产权（包括商标权）的案件中，当事人双方完全有权在法律的框架内，就案件的相关事宜进行协商，以达成和解或调解。
具体来说，协商可以围绕以下几个方面进行：
权利归属：当事人可以就商标的归属权、使用权等核心权利进行协商，明确各自的权利边界。
侵权赔偿：如果涉及商标侵权，双方可以就赔偿数额、赔偿方式（如一次性赔偿、分期赔偿等）进行协商。
停止侵权：侵权方可以承诺停止侵权行为，并采取相应措施消除影响，这也可以作为协商的一部分。
后续合作：在某些情况下，双方还可以就后续的合作方式进行协商，比如共同开发、品牌授权等。
协商的好处在于，它可以更快速地解决纠纷，减少诉讼成本，同时也有助于维护双方的商业关系。当然，协商必须在法律允许的范围内进行，不能违反法律法规的强制性规定。
如果在协商过程中遇到法律问题或需要更专业的法律建议，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律帮助。