市监局中负责商标侵权案件的科室通常是商标监督管理科。该科室的主要职责包括拟订商标监督管理的具体措施和办法，组织指导监督管理商标使用行为，以及依法组织查处商标违法案件等。因此，如果你遇到商标侵权问题，可以向市监局的商标监督管理科进行投诉或举报。

在具体操作中，你可以根据所在地的市监局的具体机构设置来确定负责商标侵权案件的科室。如果不确定，可以直接咨询市监局的工作人员，他们会为你提供准确的指引。同时，我也建议你保留好相关证据，如商标注册证、侵权证据等，以便在投诉或举报时能够提供有力的支持。