在假冒注册商标案件中，若没收的货物中没有违法的商品，这些货物应当依法返还给原所有人或合法持有人。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与原则

1. 法律原则：根据法律的基本原则，对于非违法所得或与违法行为无关的财产，不应被没收或剥夺。在假冒注册商标案件中，如果没收的货物经查实并非假冒注册商标的商品，或者与假冒注册商标行为无关，那么这些货物应当依法返还。

2. 具体法规：虽然直接的法规条文可能并未明确提及“假冒注册商标没收的货物中没有违法的商品应如何处理”，但根据《中华人民共和国商标法》及相关法律法规的精神，以及行政处罚和刑事处罚的基本原则，可以推断出对于非违法所得的财产，应当予以返还。此外，《中华人民共和国刑法》第六十四条也规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。这一原则同样适用于假冒注册商标案件中涉及的非违法商品。

实际操作与流程

1. 查实与认定：在假冒注册商标案件中，执法机关或司法机关会对没收的货物进行查实和认定。如果经查实，货物并非假冒注册商标的商品，或者与假冒注册商标行为无关，那么这些货物就不应被没收。

2. 返还程序：一旦货物被认定为非违法所得，执法机关或司法机关应当启动返还程序，将货物返还给原所有人或合法持有人。返还程序可能包括通知原所有人或合法持有人、办理返还手续等步骤。

特殊情况与注意事项

1. 货物保管与损坏：在货物被没收期间，如果因执法机关或司法机关的保管不善导致货物损坏或丢失，原所有人或合法持有人有权要求赔偿。

2. 返还的例外情况：虽然一般情况下非违法商品应当返还，但在某些特殊情况下，如货物涉及其他违法行为或存在其他法律障碍时，可能无法直接返还。此时，需要根据具体情况进行法律分析和处理。

建议：如果您或您认识的人遇到了假冒注册商标案件中没收货物的问题，且认为没收的货物并非违法商品，建议及时与执法机关或司法机关沟通，提供相关证据和材料，以维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。