商标申请被驳回后，商标局收取的官费通常是不予退还的，而代理机构的代理费能否退还则取决于双方合同的约定。以下是对这一问题的详细分析：

商标局收取的官费

商标局在受理商标申请后，会投入相应的人力和资源进行审查，包括形式审查和实质审查等环节。这些环节都需要商标局投入成本，无论最终是否核准注册，这部分成本都是无法回收的。因此，根据我国商标法的相关规定，商标注册申请被驳回时，交纳的官费（如目前国内商标注册的官费为300元/类别）是不会退回的。即使申请人撤回商标注册申请并计划重新申请，也需要重新缴纳相关的商标注册申请费用。

委托商标代理机构的代理费

如果申请人是通过商标代理机构来办理商标注册的，那么代理费的退还情况则取决于申请人与商标代理机构之间签订的委托合同。

1. 合同中有明确约定：如果合同中明确规定了申请被驳回时代理机构会退还部分或全部代理费，那么代理机构应按约执行退款。
2. 合同中无明确约定：如果合同中没有此类约定，由于代理机构已经为商标申请做了前期的准备、提交等相关工作，他们通常不会退还代理费。

特殊情况

也存在一种特殊情况：如果商标申请因手续不齐备或未按规定填写申请文件而不被受理，且商标局尚未收取受理商标注册费，那么申请人若直接到商标注册大厅办理并现场缴纳了费用，可以在收到《商标注册申请不予受理通知书》后向商标局申请退费。但这种情况并不常见，且需要满足特定的条件。

后续建议

面对商标注册被驳回的情况，申请人并非束手无策。他们可以采取以下措施来争取商标的注册：

1. 申请复审：申请人对驳回决定不服的，可以在规定期限内向商标评审委员会提出复审请求。这是法律赋予申请人的一种救济途径，通过复审，申请人有机会使原本被驳回的商标获得注册。
2. 修改商标并重新申请：申请人还可以根据商标局给出的驳回理由，对商标进行修改或调整，然后重新提交注册申请。这需要申请人仔细分析驳回理由，并针对性地修改商标，以使其符合注册要求。

综上所述，商标申请被驳回后，商标局收取的官费通常是不予退还的，而代理机构的代理费能否退还则取决于双方合同的约定。在处理这类问题时，建议申请人充分了解相关法律法规和商标局的规定，并仔细阅读与代理机构签订的合同条款。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。