专利代理申请的案子在专利纠纷中并不一定非要在被告地起诉。专利纠纷案件的管辖法院选择需综合考虑级别管辖、地域管辖及特殊情况等因素，以下是对此问题的详细分析：

一、级别管辖

1. 第一审案件：通常由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院管辖。这意味着，并非所有专利纠纷案件都需要在被告所在地的中级人民法院起诉，具体取决于案件的性质和法院的级别管辖规定。

2. 技术合同纠纷：一般由中级以上人民法院管辖，但部分基层人民法院经最高人民法院批准也可管辖第一审技术合同纠纷案件。这进一步说明了级别管辖的复杂性，并非所有案件都遵循同一标准。

二、地域管辖

1. 侵权纠纷：

   • 因侵犯专利权行为提起的诉讼，由侵权行为地或被告住所地人民法院管辖。侵权行为地包括被诉侵权产品的制造、使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地，以及侵权结果发生地。
   • 这意味着，原告可以选择向侵权行为地或被告住所地的法院起诉。如果制造与销售地不一致，原告还可以单独起诉制造者，由制造地法院管辖；若以制造者与销售者为共同被告，则销售地法院也有管辖权。

2. 合同纠纷：

   • 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同未实际履行且双方住所地均不在约定履行地的，则由被告住所地法院管辖。
   • 这表明，在合同纠纷中，原告同样可以选择向被告住所地或合同履行地的法院起诉。

三、特殊情况

• 自2023年1月1日起，北京、上海、广州知识产权法院不再受理专利等技术类知识产权第一审民事和行政案件。已受理的案件继续审理。这一特殊规定影响了部分专利纠纷案件的管辖法院选择。
• 对国务院专利行政部门决定不服提起的行政诉讼，由北京市第一中级人民法院管辖。这进一步说明了特殊情况下管辖法院的特定性。

四、法律建议

1. 综合判断：在选择管辖法院时，应综合考虑级别管辖、地域管辖及特殊情况等因素。不要仅凭被告所在地来判断管辖法院，而应根据案件的具体情况和法律规定来选择。

2. 咨询律师：由于专利纠纷案件的管辖法院选择涉及复杂的法律规定和实践操作，建议在起诉前咨询专业律师。律师可以根据案件的具体情况，为你提供准确的管辖法院选择建议。

3. 准备充分：在起诉前，应准备充分的证据材料，以支持你的诉讼请求。这有助于提高诉讼的成功率，并维护你的合法权益。

举例说明：假设甲公司发现乙公司在A市制造并在B市销售侵犯其专利权的产品。甲公司可以选择向A市有管辖权的法院起诉乙公司的制造侵权行为，也可以选择向B市有管辖权的法院起诉乙公司的销售侵权行为。如果甲公司以乙公司制造、销售侵权产品为由，将两者作为共同侵权行为起诉，则B市法院同样具有管辖权。

综上所述，专利代理申请的案子在专利纠纷中并不一定非要在被告地起诉。在选择管辖法院时，应综合考虑多种因素，并咨询专业律师以确保选择的准确性。如果你有任何关于专利纠纷管辖法院选择的问题，可以直接向我咨询。