当公司商标遭遇侵权时，赔偿数额的确定是一个复杂但有序的过程，主要依据《商标法》的相关规定来进行。以下是对公司商标被侵权后如何赔偿的详细解答：
一、赔偿数额的确定方式
实际损失：
- 首先考虑的是权利人因被侵权所受到的实际损失。这包括因侵权导致的商品销售减少量，以及由此造成的利润减少等直接经济损失。
- 实际损失还可以涵盖权利人为制止侵权行为所支付的合理费用，如律师费、调查取证费等。
侵权获利：
- 如果权利人的实际损失难以计算，那么可以转而考虑侵权人因侵权所获得的利益。
- 侵权获利通常通过侵权商品的销售量与该商品单位利润的乘积来计算。如果侵权商品的单位利润无法查明，则可以按照注册商标商品的单位利润来计算。
商标许可使用费倍数：
- 当权利人的损失和侵权人的获利都难以确定时，可以参照该商标许可使用费的倍数来合理确定赔偿数额。
法定赔偿：
- 如果上述方法均难以确定赔偿数额，那么根据《商标法》的规定，人民法院可以根据侵权行为的情节，判决给予五百万元以下的赔偿。
二、恶意侵权与情节严重的处理
- 对于恶意侵犯商标专用权且情节严重的行为，法律允许在按照上述方法确定的赔偿数额的一倍以上五倍以下来确定赔偿数额。
- 这意味着，如果侵权行为被认定为恶意且情节严重，侵权人可能需要承担更高的赔偿责任。
三、赔偿数额的构成
- 赔偿数额不仅包括权利人因被侵权所受到的实际损失或侵权人因侵权所获得的利益，还应包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
- 合理开支可能包括律师费、公证费、调查取证费、差旅费等与制止侵权行为直接相关的费用。
四、法律程序与举证责任
- 在商标侵权赔偿纠纷中，通常由被侵权人（即商标权人）承担举证责任，证明其损失或侵权人的获利。
- 如果双方无法就赔偿数额达成一致，被侵权人可以向人民法院提起诉讼，由法院根据侵权行为的情节和证据来判决赔偿数额。
五、建议与注意事项
- 在发现商标被侵权后，公司应及时收集并保存相关证据，如侵权商品的销售记录、广告宣传资料等。
- 考虑咨询专业律师或知识产权代理机构，以获取更专业的法律建议和帮助。
- 在与侵权人协商或诉讼过程中，保持冷静和理性，避免情绪化决策。
综上所述，公司商标被侵权后的赔偿数额确定是一个复杂但有序的过程，需要综合考虑多种因素。希望以上解答能为您提供清晰、详细、有深度的指导。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。