侵犯商业秘密和专利权案的难点厘清，主要可以从以下几个方面进行深入分析：
法律定义的界定与区分
- 商业秘密：根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，商业秘密是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息、经营信息等商业信息。其核心在于“秘密性”、“价值性”和“保密性”。在案件中，需要明确这些信息是否确实符合商业秘密的定义，以及被告是否确实侵犯了这些秘密。
- 专利权：专利权则是指国家专利机关依据专利法的授予申请人在法定期限内对其发明创造所享有的专有权。专利权的保护范围由专利说明书和权利要求书明确界定。在案件中，需要判断被告的行为是否落入了专利权的保护范围，即是否构成了专利侵权。
- 难点：两者在法律定义上的差异导致在案件处理中需要分别适用不同的法律标准和证据规则。商业秘密的“秘密性”和“保密性”往往难以直接证明，而专利权的保护范围则可能因权利要求书的撰写方式而存在解释上的争议。
证据收集与证明责任
- 商业秘密案件：在商业秘密案件中，原告需要承担证明其信息构成商业秘密、被告实施了侵权行为以及侵权行为与损害结果之间存在因果关系的举证责任。这往往要求原告提供大量的内部文件、交易记录、保密协议等证据，以证明其信息的秘密性和被告的侵权行为。
- 专利权案件：在专利权案件中，原告同样需要证明其拥有有效的专利权、被告实施了侵权行为以及侵权行为与损害结果之间存在因果关系。但不同的是，专利权案件中可能涉及对专利技术特征的比对和分析，以及专利无效宣告请求的审查等复杂程序。
- 难点：证据的收集和证明责任的承担在两者案件中均存在难度。商业秘密案件中，原告可能因证据不足或证据被销毁而难以证明其主张；而专利权案件中，则可能因技术复杂、比对困难或专利无效宣告请求的提出而增加案件的不确定性。
法律适用与司法实践
- 法律适用：商业秘密案件主要适用《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，而专利权案件则主要适用《中华人民共和国专利法》等相关法律法规。两者在法律适用上存在明显差异，需要分别适用不同的法律条款和司法解释。
- 司法实践：在司法实践中，商业秘密案件和专利权案件的处理方式也可能存在差异。例如，商业秘密案件可能更注重对商业秘密的保密性和价值性的审查，而专利权案件则可能更注重对专利技术特征的比对和分析。
- 难点：由于法律适用和司法实践的差异，导致在处理侵犯商业秘密和专利权案件时，需要分别考虑不同的法律因素和司法标准。这增加了案件处理的复杂性和不确定性，也要求律师具备更全面的法律知识和实践经验。
损害赔偿的计算与确定
- 商业秘密案件：在商业秘密案件中，损害赔偿的计算往往涉及对商业秘密价值、被告侵权行为所造成的损失以及原告因侵权行为所遭受的损失等多方面的考量。由于商业秘密的价值往往难以直接量化，因此损害赔偿的计算可能存在较大的主观性和不确定性。
- 专利权案件：在专利权案件中，损害赔偿的计算则可能涉及对专利技术的市场价值、被告侵权产品的销售量以及原告因侵权行为所遭受的损失等多方面的考量。虽然专利技术的市场价值可能相对更容易量化，但侵权产品的销售量以及原告损失的计算仍可能存在争议。
- 难点：损害赔偿的计算与确定在两者案件中均存在难度。由于涉及多方面的考量因素和复杂的计算过程，因此需要律师具备丰富的实践经验和专业知识，以确保损害赔偿的计算合理、公正。
针对以上难点，建议当事人在处理侵犯商业秘密和专利权案件时，应充分了解相关法律法规和司法实践，积极收集证据并承担证明责任，同时寻求专业律师的帮助以制定合理的诉讼策略和损害赔偿计算方案。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。