软件著作权确实可以由两个公司共同享有。这一结论基于我国《计算机软件保护条例》及相关法律规定，以下从多个角度进行详细分析：

一、法律基础与权利归属原则

根据《中华人民共和国著作权法》第十三条及《计算机软件保护条例》第九条的规定，两人以上合作创作的作品，著作权由合作作者共同享有。对于软件这一特殊作品形式，同样适用这一原则。具体来说：

• 合作开发：两个以上的法人或其他组织合作开发的软件，其著作权的归属应由合作开发者签订书面合同约定。若无书面合同或合同未作明确约定，则根据软件是否可分割使用来判定：
  • 可分割使用的：开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权，但行使时不得扩展到整体。例如，两个公司分别开发了软件的不同模块，且这些模块可以独立运行，那么它们可以分别对自己开发的模块享有著作权。
  • 不可分割使用的：著作权由各合作开发者共同享有，需协商一致行使；不能协商一致且无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让权以外的权利，收益应合理分配。例如，两个公司共同开发了一个完整的软件系统，无法明确划分各自开发的部分，那么它们将共同享有该软件的著作权。

二、不同合作形式下的权利分配

在软件合作开发中，除了上述基本的权利归属原则外，还可能涉及多种合作形式，每种形式下的权利分配方式也有所不同：

1. 企业之间合作：如两个公司共同出资、共同研发一个软件项目，那么它们将根据合作协议的约定来分配著作权。如果协议未作明确约定，则按照上述可分割使用或不可分割使用的原则来处理。

2. 委托开发：如果一个公司委托另一个公司开发软件，那么著作权的归属可以通过合同明确约定。若无特别约定，著作权通常归属于受托方（即开发软件的公司）。但在此情况下，委托方可能享有使用权或特定的收益分配权，这取决于合同的具体条款。

3. 职务开发：虽然用户问题主要关注的是公司之间的合作，但值得注意的是，如果软件是由公司员工在职务范围内开发的，那么著作权通常归公司所有。不过，这并不影响公司与其他公司进行合作开发或共享著作权的可能性。

三、实际操作中的注意事项与建议

在合作开发软件并共享著作权时，为了确保各方的权益得到合理保障，以下是一些实际操作中的注意事项与建议：

1. 签订书面合同：合作开发者应签订书面合同，明确约定著作权的归属及各方权利义务。这是避免后续纠纷的关键步骤。

2. 实名认证与申请材料：在申请软件著作权登记时，所有著作权人都需进行实名认证，并提交相应的申请材料。如果著作权人数量过多，可能会增加申请流程的复杂性和管理难度，因此建议合理确定著作权人的数量。

3. 权益保障：在确定著作权人时，应确保各方的权益得到合理保障，包括但不限于使用权、收益分配权等。这可以通过合同条款来明确约定。

4. 协商一致原则：在行使著作权时，共有人需就许可使用、转让等事项达成统一意见。如果无法协商一致，可能会影响软件的正常使用和商业化进程。

如果您在软件著作权合作开发方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。