知识产权侵权纠纷在一定条件下是可以约定管辖的，但必须严格遵守相关法律规定，特别是不得违反级别管辖和专属管辖的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与原则
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。知识产权纠纷，作为财产权益纠纷的一种，原则上适用这一规定。
知识产权案件的特殊性：
- 知识产权案件，特别是涉及专利权、商标权等注册性权利的案件，往往具有更强的专业性和复杂性。因此，法律对于这类案件的管辖有特别规定，如专利纠纷案件一般由中级人民法院和最高人民法院指定的基层人民法院管辖。但这并不妨碍当事人在符合法律规定的前提下，就管辖法院进行约定。
专属管辖的限制：
- 对于某些特定类型的知识产权案件，如涉及专利权属纠纷的案件，可能属于专属管辖的范畴，即只能由法律规定的特定法院管辖。在这种情况下，当事人不能通过协议约定其他法院管辖。但这种情况相对较少，且通常会在相关法律中有明确规定。
二、约定管辖的适用条件
不违反级别管辖和专属管辖：
- 当事人在约定管辖时，必须确保所选择的法院符合法律规定的级别管辖要求，且不属于专属管辖的范围。例如，不能将本应由中级人民法院管辖的案件约定由基层人民法院管辖。
与争议有实际联系：
- 约定的管辖法院必须与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等。这是确保管辖法院对案件具有合理管辖权的基础。
书面形式：
- 管辖协议必须以书面形式作出，以确保其明确性和可证明性。口头协议或默示协议在管辖问题上通常不被认可。
三、实践中的注意事项
审查管辖协议的效力：
- 在签订管辖协议前，当事人应仔细审查协议内容，确保其符合法律规定的条件和要求。特别是要关注级别管辖和专属管辖的规定，以及管辖法院与争议的实际联系。
考虑诉讼便利性和成本：
- 在选择管辖法院时，当事人应考虑诉讼的便利性和成本因素。例如，选择距离较近、审判效率较高、诉讼费用较低的法院进行管辖，可以降低诉讼成本并提高诉讼效率。
关注法律变化：
- 知识产权法律和政策可能随时发生变化，当事人应密切关注相关法律动态，及时调整管辖策略。例如，如果法律对某类知识产权案件的管辖法院进行了调整，当事人应及时更新管辖协议以符合新的法律规定。
四、具体案例与说明
假设在一起商标侵权纠纷中，双方当事人希望通过书面协议约定由原告所在地法院管辖。在这种情况下，如果原告所在地法院与争议有实际联系（如原告住所地、合同签订地等），且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么这样的约定是有效的。双方可以在合同中明确约定管辖法院，并在发生纠纷时按照约定向该法院提起诉讼。
综上所述，知识产权侵权纠纷在一定条件下是可以约定管辖的，但必须严格遵守相关法律规定。如果你在知识产权侵权纠纷中遇到了管辖问题，或者对管辖协议的效力有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和指导。