违规套取科研经费2万元，属于违法行为，可能面临行政处罚、纪律处分，甚至刑事责任，具体处理方式需结合情节严重程度判断。以下是详细分析：

1. 行政责任：罚款+追回经费

根据《财政违法行为处罚处分条例》，若套取行为被认定为“以虚报、冒领等手段骗取财政资金”，主管部门可责令改正，追回违规套取的2万元经费，并处以骗取金额10%-50%的罚款（即2000元至1万元）。若单位存在管理漏洞，还可能对直接负责的主管人员和其他责任人处以罚款。

2. 纪律处分：内部追责

若套取行为涉及科研人员或单位工作人员，可能触发内部纪律处分：

• 事业单位/高校：根据《事业单位工作人员处分暂行规定》，可给予警告、记过、降低岗位等级或撤职、开除等处分；
• 企业/科研机构：可能依据内部规章制度给予警告、扣发绩效、解聘等处理。

3. 刑事责任：可能构成犯罪

若套取行为符合以下情形，可能涉嫌《刑法》中的贪污罪或诈骗罪：

• 主体身份：若行为人为国家工作人员（如公立高校、科研院所的公职人员），可能构成贪污罪；
• 主观故意：以非法占有为目的，通过伪造票据、虚列开支等手段套取经费；
• 数额标准：根据《刑法》及司法解释，贪污或诈骗数额在3万元以上可立案追诉，但部分地区对“数额较大”的标准可能更低（如1万元以上），且2万元已接近或达到部分地区的刑事立案门槛。若存在多次套取、情节恶劣等情形，即使未达3万元，也可能被追究刑事责任。

需特别注意：刑事责任的认定需严格符合犯罪构成要件，最终由司法机关结合证据判断。若行为人主动退赔、认罪态度好，可能从轻或减轻处罚。

4. 处理流程建议

• 主动整改：若已被发现，应立即退还套取经费，配合调查，争取从轻处理；
• 法律风险评估：建议委托律师分析行为性质，避免因处理不当导致责任升级；
• 完善合规制度：单位应加强科研经费管理，建立审批、审计、公示等机制，防范风险。

如有进一步疑问或需具体法律意见，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性分析。