诊所因查到回流药被罚款500元是否合理，需结合具体违法情节、处罚依据及程序合法性综合判断，以下分情况说明：

1. 若处罚依据为《药品管理法》第129条，且情节轻微，500元罚款可能合理
   根据《药品管理法》第129条，“违反本法规定，药品经营企业、医疗机构未从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品的，责令改正，没收违法购进的药品和违法所得，并处违法购进药品货值金额二倍以上十倍以下的罚款；情节严重的，吊销药品经营许可证、医疗机构执业许可证”。

   • 回流药属于“未从合法渠道购进”：回流药通常指通过非法渠道（如个人倒卖、回收）重新流入市场的药品，可能存在质量隐患（如过期、变质、假药），医疗机构购进此类药品已构成违法。
     
   • 罚款幅度需结合货值金额：若违法购进药品的货值金额较低（如仅几百元），且为首次违法、未造成严重后果（如未引发患者健康损害），监管部门可能按最低档处罚（货值金额2倍以下），此时500元罚款可能属于合理裁量范围。
     

2. 若存在以下情形，500元罚款可能不合理或需调整

   • 货值金额较高但处罚畸轻：若违法购进药品的货值金额较大（如数千元），按《药品管理法》应处货值金额2-10倍罚款，此时500元可能远低于法定最低标准，属于处罚不当。
     
   • 未履行法定程序：根据《行政处罚法》，处罚需遵循“调查取证-告知权利-听取陈述申辩-作出决定”的程序。若监管部门未履行上述程序（如未出示证据、未告知救济途径），处罚可能因程序违法被撤销。
     
   • 存在从轻或减轻情节未考虑：若诊所主动消除危害后果（如立即销毁回流药）、配合调查，或违法情节显著轻微（如仅购进少量药品且未使用），可能符合《行政处罚法》第32条的从轻、减轻处罚条件，此时500元罚款可能过重。
     

3. 诊所的救济途径

   • 申请行政复议：若对处罚不服，可自收到处罚决定书之日起60日内向上一级监管部门或本级政府申请复议，要求撤销或变更处罚。
     
   • 提起行政诉讼：若复议未果，可自收到复议决定书之日起15日内向法院起诉，由法院审查处罚的合法性。
     

建议：诊所需核实处罚决定书中载明的违法事实、法律依据及货值金额计算方式，若认为处罚不当，可收集证据（如购进记录、供应商资质）通过复议或诉讼维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。