结论：父亲起诉儿子霸占农村房屋是否违法，不能一概而论，这取决于儿子霸占房屋的行为是否具有合法依据以及是否侵犯了父亲的合法权益。以下从不同角度进行分析：
一、若儿子霸占房屋无合法依据
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，房屋作为不动产，其所有权和使用权受法律保护。若儿子未经父亲同意，擅自霸占农村房屋，且没有合法的继承、赠与或其他合法依据，则可能构成对父亲房屋所有权的侵犯。
法律后果：
- 父亲作为房屋的合法所有者，有权要求儿子停止侵权行为，返还房屋，并可能要求赔偿因此造成的损失。
- 若儿子拒不履行，父亲可以向人民法院提起诉讼，请求法院确认其对房屋的所有权，并判决儿子返还房屋。
建议：
- 父亲应收集相关证据，如房屋产权证、土地使用证、家庭协议等，以证明其对房屋的所有权。
- 在提起诉讼前，可以尝试与儿子进行协商，寻求和解或调解的方式解决纠纷。
二、若儿子霸占房屋有合法依据
法律背景：
- 如果儿子霸占房屋是基于合法的继承、赠与或其他合法依据，且这些依据在法律上是有效的，那么儿子的行为可能不构成违法。
- 例如，如果父亲在生前已经通过遗嘱或赠与协议将房屋赠与给儿子，且这些协议符合法律规定的形式和实质要件，那么儿子对房屋的占有和使用就是合法的。
法律后果：
- 在这种情况下，父亲起诉儿子霸占房屋可能不会得到法院的支持，因为儿子的行为有合法依据。
- 如果父亲认为继承或赠与协议存在瑕疵或无效，可以提起诉讼请求法院确认协议无效或撤销协议，但这需要充分的证据支持。
建议：
- 父亲应仔细审查继承或赠与协议的内容，确认其是否符合法律规定的要件。
- 如果认为协议存在瑕疵或无效，可以咨询专业律师，了解提起诉讼的可行性和风险。
三、特殊情况考虑
- 家庭内部纠纷：如果父亲和儿子之间存在家庭内部纠纷，如赡养问题、财产分配问题等，这些纠纷可能影响到房屋的占有和使用。在这种情况下，应优先考虑通过协商、调解等和平方式解决纠纷，以维护家庭关系的和谐。
- 农村房屋特殊性：农村房屋的占有和使用可能受到当地政策、习俗等因素的影响。在处理此类纠纷时，应充分考虑这些因素，确保解决方案的合法性和合理性。
进一步思考：在处理此类房产纠纷时，除了考虑法律因素外，还应注重家庭关系的维护和修复。家庭成员之间应相互尊重、理解和包容，通过协商、调解等和平方式解决纠纷，以避免不必要的法律诉讼和家庭矛盾升级。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。