在三方转正的情况下，劳动者通常与实际用工单位建立劳动关系。以下是对这一问题的详细分析：
一、三方协议与劳动关系的建立
三方协议的性质：三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议，它主要明确的是毕业生到用人单位就业时，各方的权利和义务，包括报到时间、接收手续、档案及户口迁移等内容。它并非劳动合同，但具有一定的法律效力，是毕业生与用人单位之间建立劳动关系的前置程序。
劳动关系的建立：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。这意味着，劳动关系的建立并不完全取决于是否签订了劳动合同，而是取决于实际用工行为的发生。在三方协议的背景下，当毕业生按照协议约定到用人单位报到并开始工作时，即与用人单位建立了劳动关系。
二、三方转正后的劳动关系归属
转正的含义：转正通常指的是劳动者在试用期满后，经考核合格，由用人单位正式录用为正式员工的过程。在三方协议的背景下，转正意味着劳动者已经完成了从毕业生到正式员工的身份转变。
劳动关系的归属：在三方转正的情况下，由于劳动者已经实际在用人单位工作，并接受了用人单位的管理和指挥，因此劳动者与用人单位之间建立了劳动关系。此时，即使三方协议尚未到期或未完全履行完毕，也不影响劳动关系的建立和归属。
三、特殊情况下的劳动关系归属
劳务派遣情况：如果三方协议中涉及劳务派遣的情况，即劳动者被派遣到另一个单位工作，那么劳动者的劳动关系可能归属于派遣单位（即与劳动者签订劳动合同的单位），而实际用工单位则与劳动者构成劳务关系。但这种情况在三方转正的语境下较为少见，且通常会在三方协议中明确约定。
关联企业用工情况：如果用人单位与另一企业存在关联关系，且劳动者被安排到关联企业工作，那么劳动关系的归属可能需要根据具体情况来判断。一般来说，如果劳动者直接受关联企业的管理和指挥，且工资由关联企业发放，那么劳动者可能与关联企业建立劳动关系。但这也需要根据三方协议的具体内容和实际用工情况来确定。
四、建议与注意事项
明确协议内容：在签订三方协议时，毕业生应仔细阅读协议条款，特别是关于劳动关系的建立、工作内容、工作地点、工资待遇等方面的约定，确保自己的权益得到保障。
保留证据：在实际用工过程中，劳动者应保留好与用人单位相关的证据，如工作证、工资条、考勤记录等，以便在发生劳动争议时能够证明自己的劳动关系和权益。
及时咨询：如果劳动者对三方转正后的劳动关系归属存在疑问或不确定，应及时向用人单位或专业律师咨询，以避免因误解或疏忽而损害自己的权益。
总之，在三方转正的情况下，劳动者通常与实际用工单位建立劳动关系。但具体情况可能因协议内容、实际用工情况等因素而有所不同。因此，劳动者在签订三方协议和实际用工过程中应保持警惕，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。