结论：和网贷公司协商后只还本金，银行卡是否还会自动扣款，这主要取决于协商的具体结果以及网贷公司是否已对自动扣款设置进行了相应调整。以下从不同角度进行分析：

1. 协商结果明确且网贷公司已调整自动扣款设置：

   • 如果您与网贷公司协商后，双方明确达成了只还本金的协议，并且网贷公司已经根据这一协议调整了其自动扣款系统，确保不再从您的银行卡中扣除利息或其他费用，那么在这种情况下，您的银行卡将不会因该网贷公司的债务而自动扣款（除本金外）。

2. 协商结果明确但网贷公司未调整自动扣款设置：

   • 即便您与网贷公司协商达成了只还本金的协议，但如果网贷公司未对其自动扣款系统进行相应调整，或者调整存在延迟，那么在调整完成前，您的银行卡仍有可能被自动扣款。这包括可能扣除的利息、罚息或其他费用。因此，在协商达成后，您应要求网贷公司立即停止所有非本金的自动扣款，并确认其已执行。

3. 协商结果不明确或存在争议：

   • 如果您与网贷公司的协商结果并不明确，或者双方对协商内容存在争议，那么网贷公司可能仍会按照其原有的合同条款执行自动扣款。这包括扣除本金、利息、罚息等所有应付款项。在这种情况下，您应尽快与网贷公司明确协商结果，并考虑通过法律途径解决争议。

4. 银行卡绑定与解绑问题：

   • 无论协商结果如何，如果您希望彻底避免银行卡被自动扣款，您可以考虑解绑与网贷公司关联的银行卡。但请注意，解绑银行卡并不意味着您无需偿还债务，您仍需通过其他方式（如转账、现金等）履行还款义务。

法律建议：

• 在与网贷公司协商时，务必确保协商结果以书面形式记录，并明确双方的权利和义务。
• 协商达成后，要求网贷公司立即停止所有非本金的自动扣款，并确认其已执行。
• 如果网贷公司未按照协商结果执行，或者您对协商结果存在争议，考虑通过法律途径解决，如向当地金融监管机构投诉或提起民事诉讼。

可能后果：

• 如果网贷公司继续按照原有合同条款执行自动扣款，而您未及时采取措施阻止，可能会导致您承担不必要的经济损失。
• 如果您未按照协商结果履行还款义务，网贷公司可能会采取进一步的法律措施来追讨债务，如起诉至法院或申请强制执行。

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