结论：在招标文件中约定缴纳了保证金不来投标扣除投标保证金是可以的，但这一约定需符合相关法律法规的规定，且应明确、合理。

详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，招标人有权要求投标人提交投标保证金，作为投标人履行投标义务的担保。若投标人未按照招标文件要求参与投标，包括未在截止时间前提交投标文件或放弃投标，招标人有权根据招标文件的规定处理投标保证金。
   • 特别地，如果招标文件中明确规定了“缴纳了保证金不来投标将扣除投标保证金”的条款，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款是有效的，对投标人具有约束力。

2. 约定合理性的考量：

   • 招标文件中的约定应当合理，不能过分苛刻或显失公平。例如，如果因为不可抗力因素（如自然灾害、突发事件等）导致投标人无法投标，那么扣除保证金可能显得不合理。在这种情况下，招标人应考虑退还保证金或与投标人协商解决。
   • 约定扣除保证金的金额也应合理，通常不应超过投标保证金的总额，且应与投标人违约行为的严重程度相适应。

3. 实际操作中的建议：

   • 招标人在制定招标文件时，应明确、具体地规定投标保证金的提交、退还及扣除条件，以避免后续纠纷。
   • 投标人在参与投标前，应仔细阅读招标文件中的相关规定，特别是关于投标保证金的条款，确保自己了解并同意这些条款。
   • 如果发生保证金退还或扣除的纠纷，双方应首先依据招标文件的规定进行协商解决；协商不成时，可通过法律途径解决。

举例说明：

假设某招标项目要求投标人提交10万元的投标保证金，并在招标文件中明确规定：“若投标人缴纳了保证金但未在截止时间前提交投标文件或放弃投标，招标人有权扣除其全部投标保证金。”在此情况下，如果某投标人缴纳了保证金但未参与投标，招标人根据招标文件的规定扣除其保证金是合法的。

法律后果提示：

• 如果招标文件中的约定违反了法律法规的强制性规定，那么该约定是无效的，招标人不能据此扣除投标保证金。
• 如果招标人未经合法程序擅自扣除投标保证金，投标人有权要求招标人退还保证金，并可能追究招标人的法律责任。

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