要确认非法捕捞被查后是否留有案底，可通过以下途径查询：

1. 直接向公安机关查询
   案底（即犯罪记录）由公安机关统一管理。若您因非法捕捞被查，可携带本人身份证到户籍地或案件发生地的派出所，申请查询是否有犯罪记录。根据《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》，个人可依法查询自己的犯罪记录，公安机关应出具《无犯罪记录证明》或《犯罪记录证明》。

2. 通过法院裁判文书网查询
   若非法捕捞行为被认定为犯罪并进入司法程序，法院会公开裁判文书。您可登录“中国裁判文书网”（https://wenshu.court.gov.cn/），输入姓名、身份证号等信息，查询是否有相关判决记录。但需注意：

   • 若案件未进入审判阶段（如仅行政处罚），裁判文书网无记录；
     
   • 部分案件可能因隐私保护不公开，需结合其他方式确认。

3. 区分行政处罚与刑事处罚

   • 行政处罚：若仅因非法捕捞被渔政部门行政处罚（如罚款、没收渔具），不会留案底，但处罚记录会保存在行政机关档案中，可能影响个人信用或行业准入（如渔业从业资格）。
     
   • 刑事处罚：若被认定为犯罪（如“非法捕捞水产品罪”），会留下犯罪记录（案底），影响就业、政审等。判断是否构成犯罪的关键点：
     
     • 是否达到“情节严重”标准（如捕捞数量、价值、使用禁用工具等）；
       
     • 是否被法院判决有罪（若检察院不起诉或法院判决无罪，则无案底）。

4. 特殊情况：未成年人犯罪记录封存
   若您被查时未满18周岁且被判处五年以下有期徒刑，根据《刑事诉讼法》，犯罪记录应依法封存，非司法机关办案需要不得查询，但封存不等于“无记录”，仅是限制公开。

建议行动步骤：

1. 先确认处罚性质（行政/刑事），可向处罚机关索要书面决定书；
   
2. 若为刑事案件，联系办案机关（如派出所、检察院）确认案件进展；
   
3. 最终以公安机关出具的《犯罪记录证明》为准。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。