结论：针对您提出的“实际施工人正在建筑的违章建筑被他人强行占用且办理证件后”的情况，这涉及多个法律层面的问题，包括违章建筑的认定、强行占用的法律责任以及证件办理的合法性等。以下是从不同角度对此问题的详细分析。
一、违章建筑的认定与处理
违章建筑的认定：
- 违章建筑通常指的是未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这类建筑在法律上不被认可，可能面临拆除、罚款等处罚。
违章建筑的处理：
- 对于正在建筑的违章建筑，相关部门有权责令停止建设、限期改正，并可能处以罚款。若逾期不改正，相关部门有权组织强制拆除。
二、强行占用的法律责任
强行占用的性质：
- 强行占用他人（包括实际施工人）正在建筑的违章建筑，可能构成侵权行为。即使建筑本身是违章的，但施工人对建筑材料、施工设备等仍享有合法权益，他人不得非法侵占。
法律责任：
- 强行占用者可能面临民事赔偿责任，需赔偿施工人因占用行为造成的损失，包括但不限于建筑材料损失、施工设备损坏、工期延误等。
- 若强行占用行为情节严重，还可能构成犯罪，如寻衅滋事罪、故意毁坏财物罪等，需承担刑事责任。
三、证件办理的合法性
证件办理的前提：
- 办理任何与建筑相关的证件（如房产证、规划许可证等），均需以合法建筑为前提。违章建筑无法获得合法证件。
非法办理证件的后果：
- 若他人通过非法手段为违章建筑办理了证件，该证件在法律上是无效的。相关部门有权撤销该证件，并对办理证件的相关责任人进行处罚。
- 施工人可以向相关部门举报非法办理证件的行为，要求撤销证件并追究相关责任人的法律责任。
四、建议措施
收集证据：
- 施工人应尽快收集与违章建筑相关的证据，包括施工合同、规划图纸、施工照片、视频等，以证明自己对建筑物的合法权益。
向相关部门举报：
- 施工人可以向当地规划、建设、城管等部门举报违章建筑和强行占用行为，要求相关部门依法处理。
寻求法律援助：
- 若施工人认为自己的合法权益受到侵害，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。这包括向法院提起民事诉讼，要求强行占用者赔偿损失；若涉嫌犯罪，还可以向公安机关报案，要求追究刑事责任。
进一步思考：在实际操作中，施工人还需注意保护自己的安全，避免与强行占用者发生直接冲突。同时，施工人应密切关注相关部门的处理进展，及时跟进并配合相关部门的工作。若您在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。