结论：地铁站安检员未发现违禁品而被罚款1000元是否合法，需根据具体情况判断，包括罚款主体、罚款依据以及罚款程序是否合法。
分析如下：
罚款主体是否合法：
- 地铁站安检员本身通常不具备行政处罚权，即他们无权直接对乘客进行罚款。罚款行为一般应由具有行政处罚权的机关，如公安机关或交通管理部门等，依据相关法律法规进行。
- 如果罚款是由地铁站管理方或安检公司自行决定的，且没有得到相关法律法规的授权，那么这种罚款行为很可能是不合法的。
罚款依据是否合法：
- 罚款必须依据明确的法律法规进行。例如，如果某部法律或地方性法规明确规定了携带违禁品进入地铁站的处罚措施，并且罚款金额在法定范围内，那么罚款行为可能是合法的。
- 如果没有明确的法律法规依据，或者罚款金额超出了法定范围，那么罚款行为就是不合法的。
罚款程序是否合法：
- 罚款程序必须符合法律法规的规定，包括罚款的告知、听证、决定、执行等环节。如果罚款程序存在瑕疵或违法行为，如未告知罚款理由、未给予听证机会等，那么罚款行为也是不合法的。
具体建议：
- 如果您或他人因地铁站安检员未发现违禁品而被罚款1000元，首先应要求罚款方出示罚款依据和罚款程序的相关文件。
- 如果罚款方无法提供合法的依据或程序文件，或者您认为罚款行为存在其他违法行为，您可以向相关监管部门投诉或寻求法律援助。
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如罚款通知、收据、现场照片或视频等，以便在需要时提供证明。
可能涉及的法律后果：
- 如果罚款行为被认定为不合法，罚款方可能需要退还罚款，并可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
- 如果您因罚款行为而遭受了其他损失，如时间损失、精神损失等，您也可以依法要求赔偿。
总结：地铁站安检员未发现违禁品而被罚款1000元是否合法，需根据罚款主体、罚款依据以及罚款程序是否合法来判断。如果您对此有疑问或认为罚款行为不合法，建议您及时咨询专业律师或向相关监管部门投诉。我是程晴晴律师，专注于婚姻家庭、交通事故领域，如果您有相关法律问题，可以直接向我咨询。