《中华人民共和国种子法》第九十一条的执行机关主要是县级以上人民政府农业、林业主管部门。以下是对该问题的详细解释：

一、法律条款内容

《中华人民共和国种子法》第九十一条规定：“违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”这一条款本身并未直接指明具体的执行机关，但根据该法的整体框架和行政执法实践，我们可以推断出相关的执行机关。

二、执行机关的确定

1. 县级以上人民政府农业、林业主管部门：

   • 根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，县级以上人民政府农业、林业主管部门是种子管理的主要行政机关，负责种子的生产、经营、使用等环节的监督管理工作。
   • 在发现违反种子法规定的行为时，这些部门有权进行调查、取证，并根据违法行为的性质和情节，依法给予行政处罚或移送司法机关追究刑事责任。

2. 司法机关：

   • 当违反种子法规定的行为构成犯罪时，县级以上人民政府农业、林业主管部门会将案件移送至司法机关（如公安机关、检察机关、审判机关）进行刑事追究。
   • 司法机关将根据刑法和相关司法解释的规定，对犯罪嫌疑人进行侦查、起诉和审判，依法追究其刑事责任。

三、执行流程

1. 行政执法阶段：

   • 县级以上人民政府农业、林业主管部门在发现违法行为后，会进行初步调查和取证。
   • 如果违法行为不构成犯罪，这些部门将依法给予行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销许可证等。

2. 刑事追究阶段：

   • 如果违法行为构成犯罪，县级以上人民政府农业、林业主管部门会将案件移送至司法机关。
   • 司法机关将依法进行侦查、起诉和审判，对犯罪嫌疑人追究刑事责任。

四、实际案例与法律建议

• 实际案例：在实际操作中，如果某企业或个人未经许可擅自生产、经营种子，或者生产、经营的种子质量不符合国家标准，县级以上人民政府农业、林业主管部门在发现后，会依法进行调查和取证。如果违法行为情节严重，构成犯罪，这些部门会将案件移送至司法机关进行刑事追究。
• 法律建议：作为种子生产、经营或使用单位或个人，应严格遵守《中华人民共和国种子法》的相关规定，确保种子的质量和使用安全。如果遇到法律问题或纠纷，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并依法维护自己的合法权益。

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