婚内财产协议中有两个字涂改，并不一定会导致整个协议无效。其效力需根据具体情况来判断：
双方协商一致涂改且注明：
- 如果夫妻双方就协议内容的涂改达成一致意见，并且在涂改处签字、注明涂改日期等，明确表示认可涂改后的内容，那么这种涂改是有效的。因为这体现了双方真实的意思表示，符合合同变更的法定要求。例如，双方原本约定房产归一方所有，后来商量后决定改成共同所有，并在涂改处签字注明日期，这样的涂改就是有效的。
单方擅自涂改：
- 若一方在未经另一方同意的情况下，私自对婚内财产协议进行涂改，这种涂改是无效的。因为婚内财产协议是双方基于平等、自愿原则签订的，单方擅自修改违反了协议的约定和法律规定，不能产生变更协议内容的法律效力。例如，一方私自把协议中约定给另一方的存款部分涂改掉，这样的涂改是无效的。
此外，如果涂改部分对协议的关键内容产生实质性影响，可能使该部分条款无效，但其他未涂改部分通常不受影响。不过，具体法律效力还需结合协议整体内容、涂改性质和程度以及相关法律法规综合判断。
因此，在处理婚内财产协议涂改问题时，应首先确认涂改是否经过双方协商一致，并进行了明确的确认。如果有任何疑问或争议，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。