物流公司仓库租在粮库院内是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若租赁行为符合相关法律法规及规划要求：
- 如果物流公司租赁粮库院内的仓库，该租赁行为本身并不直接违反法律。关键在于这种租赁是否符合当地的土地利用规划、城市规划以及仓储物流行业的布局要求。例如，如果粮库院内原本就规划有仓储用途，且物流公司的租赁行为得到了相关部门的批准或备案，那么这种租赁就是合法的。
- 此外，还需要考虑租赁合同的内容是否合法合规，包括租金、租期、用途等条款是否明确且不违反法律法规的强制性规定。
若租赁行为违反相关法律法规或规划要求：
- 如果物流公司租赁粮库院内的仓库，但该行为违反了当地的土地利用规划、城市规划或仓储物流行业的布局要求，比如粮库院内原本规划为非仓储用途，或者物流公司的租赁行为未经相关部门批准或备案，那么这种租赁就可能是违法的。
- 另外，如果租赁合同的内容存在违法违规条款，如租金过高、租期过长且违反法律法规的强制性规定，或者用途与规划不符等，也可能导致租赁行为的违法性。
法律建议：
- 在考虑租赁粮库院内的仓库时，物流公司应首先了解当地的土地利用规划、城市规划以及仓储物流行业的布局要求，确保租赁行为符合相关规定。
- 同时，物流公司应与粮库方签订合法合规的租赁合同，明确租金、租期、用途等条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。
- 如果对租赁行为的合法性存在疑问，物流公司可以咨询当地的相关部门或专业律师，以获取更准确的法律意见。
可能的法律后果：
- 如果物流公司的租赁行为被认定为违法，可能会面临被相关部门责令停止租赁、罚款等行政处罚。
- 在严重的情况下，如果租赁行为导致了土地资源的浪费、环境污染或其他严重后果，物流公司还可能承担刑事责任。
因此，物流公司在租赁粮库院内的仓库时，应谨慎行事，确保租赁行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。