在小区仓库开设物流公司是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及规划用途、产权性质及是否扰民等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 规划用途与产权性质

• 规划用途：小区仓库的规划用途通常为仓储或配套设施，若擅自改变为物流公司（商业用途），可能违反《城乡规划法》第43条（需经规划部门批准变更用途）。若未获批，属于违法建设行为，可能面临限期改正、罚款甚至强制拆除。
• 产权性质：若仓库产权归业主共有（如全体业主共有部分），需经业主大会同意（《民法典》第278条）；若为个人产权，也需确保用途符合规划及管理规约，否则可能引发相邻权纠纷。

2. 是否扰民及消防安全

• 扰民问题：物流公司可能产生噪音、车辆进出频繁等问题，若影响其他业主正常生活，可能违反《民法典》第288条（相邻关系处理原则），业主可要求停止侵害、排除妨碍。
• 消防安全：仓库改为物流公司需符合消防标准（如货物堆放、通道设置等）。若未通过消防验收，可能违反《消防法》第15条，面临停产停业、罚款等处罚。

3. 物业合同与管理规约

• 若小区《物业服务合同》或《管理规约》明确禁止仓库用于商业经营，擅自开设物流公司构成违约，物业有权要求整改或通过业主委员会采取措施。

4. 合法化途径

• 申请变更用途：向规划部门提交申请，说明变更理由及合规方案（如消防改造、噪音控制等），获批后办理工商登记。
• 协商与补偿：若涉及共有部分，需与业主协商并给予合理补偿；若为个人产权，需确保不损害其他业主权益。

5. 法律后果

• 行政处罚：未获批变更用途可能面临罚款、限期拆除等（《城乡规划法》第64条）。
• 民事赔偿：若因扰民或消防问题造成他人损失，需承担赔偿责任（《民法典》第1165条）。
• 合同纠纷：若违反物业合同，可能被要求支付违约金或解除合同。

建议：

1. 先核查仓库的规划用途及产权性质，确认是否允许商业经营；
   
2. 与物业、业主委员会沟通，评估是否可能引发纠纷；
   
3. 若需变更用途，提前向规划部门申请并完善消防、环保等手续；
   
4. 确保经营行为不扰民，避免法律风险。
   

如有具体细节（如仓库位置、产权归属等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。