结论前置：用户以货款支付晚为由拒绝支付违约金，这一做法是否合理，需根据合同具体条款及双方实际履行情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确约定

   • 若合同中有明确约定：如果货物买卖合同中明确规定了交货时间和货款支付时间，并且约定了逾期交货或逾期付款的违约责任，那么双方应严格按照合同约定执行。在此情况下，即使货款支付晚，也不能成为用户拒绝支付逾期交货违约金的合理理由。因为合同是双方意思自治的体现，一旦签订，即对双方具有法律约束力。
   • 若合同中无明确约定或约定不明：如果合同中没有明确规定逾期交货和逾期付款的违约责任，或者规定不明确，那么双方应首先通过协商来解决问题。在协商过程中，可以考虑双方的实际损失、过错程度等因素，来合理确定违约责任的承担。

2. 实际履行情况与过错程度

   • 用户货款支付晚的原因：如果用户货款支付晚是由于卖方的原因导致的，比如卖方未按时提供发票、结算单据等，那么用户可能有权要求卖方承担一定的责任，但这并不意味着用户可以完全拒绝支付逾期交货的违约金。因为货款支付晚和逾期交货是两个独立的违约行为，除非合同中有特别约定或者双方能够达成一致意见。
   • 卖方逾期交货的原因：如果卖方逾期交货是由于不可抗力、用户原因等不可归责于卖方的原因导致的，那么卖方可能不需要承担逾期交货的违约责任。但在此情况下，卖方仍需及时通知用户，并提供相关证明材料。如果卖方未履行通知义务，导致用户遭受损失的，卖方仍需承担相应的赔偿责任。

3. 法律原则与公平原则

   • 法律原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。如果一方违反合同约定，给对方造成损失的，应当承担赔偿责任。
   • 公平原则：在处理合同纠纷时，还应遵循公平原则。即双方应平等地享有权利和承担义务，不得因一方的不当行为而损害另一方的合法权益。因此，在判断用户拒绝支付违约金是否合理时，应综合考虑双方的实际损失、过错程度等因素，确保处理结果的公平性和合理性。

建议：

• 对于卖方而言，如果用户拒绝支付违约金，卖方可以首先与用户进行协商，寻求和解。如果协商无果，卖方可以根据合同约定或相关法律法规的规定，向用户发出书面催告通知，要求用户支付违约金。如果用户仍不支付，卖方可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
• 对于用户而言，如果认为卖方存在逾期交货等违约行为，且给自己造成了损失，用户可以要求卖方承担相应的赔偿责任。但用户不能以此为由拒绝支付自己逾期付款的违约金（除非合同中有特别约定或双方能够达成一致意见）。如果双方无法协商解决纠纷，用户也可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果双方无法协商解决纠纷，且一方或双方均拒绝通过法律途径解决，那么纠纷可能会持续存在，甚至可能影响双方的商业信誉和合作关系。
• 如果一方通过法律途径解决纠纷并胜诉，那么败诉方可能需要承担诉讼费用、律师费用等额外成本，并且其商业信誉也可能受到一定影响。

因此，在处理货物买卖合同纠纷时，双方应尽量通过协商来解决问题，以维护双方的合法权益和商业信誉。如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。