您好，关于您提到的灵活就业社保缴费显示不合法的问题，这可能是由于多种原因导致的。以下是一些可能的原因及相应的解决方案，希望能帮助您更好地理解和解决这个问题。

首先，系统信息更新延迟或错误是一个常见的原因。有时候，当您从公司离职并申请灵活就业参保时，由于系统信息更新不及时或存在错误，可能会导致系统仍然认为您处于在职状态，从而拒绝您的灵活就业参保申请。这种情况下，您可以尝试刷新系统页面或稍后再试，如果问题依旧存在，建议您联系当地社保经办机构或拨打社保服务热线，提供您的个人信息和具体情况，以便工作人员核实并更新您的参保状态。

其次，参保信息填写错误也可能导致缴费显示不合法。在申请灵活就业参保时，您需要填写一系列的个人信息，如姓名、身份证号、联系方式等。如果这些信息填写错误或与系统中的信息不一致，系统可能会拒绝您的申请。因此，在填写参保信息时，请务必仔细核对，确保所有信息的准确无误。如果发现填写错误，请及时更正并重新提交申请。

另外，户籍或参保地限制也可能是一个因素。虽然目前大部分地区已经放开了灵活就业人员在就业地参加企业职工基本养老保险的户籍限制，但仍有一些特殊情况或地区可能存在限制。如果您在申请灵活就业参保时遇到户籍或参保地的问题，建议您咨询当地社保经办机构，了解具体的政策规定和操作流程。

此外，缴费基数或比例选择不当也可能导致缴费显示不合法。灵活就业人员参加企业职工基本养老保险时，可以在本省全口径城镇单位就业人员平均工资的60%-300%之间选择适当的缴费基数，缴费比例为20%。如果您选择的缴费基数或比例超出了这个范围，系统可能会拒绝您的缴费申请。因此，在选择缴费基数和比例时，请务必按照政策规定进行选择。

最后，系统故障或维护也可能导致缴费显示不合法。有时候，由于系统故障或正在进行维护升级，可能会导致您无法正常进行参保登记或缴费操作。这种情况下，您可以稍后再试或联系当地社保经办机构了解系统情况。

针对您提到的具体案例，如果公司已经停保，但您在申请灵活就业参保时仍然遇到问题，并且系统提示“根据居民身份证，查询到系统中存在此人信息，请重新选择人员进行参保登记”，这可能是由于系统仍然保留了您之前的在职参保信息。在这种情况下，您可以尝试联系当地社保经办机构，提供您的离职证明和灵活就业参保申请材料，以便工作人员核实并更新您的参保状态。

总之，灵活就业社保缴费显示不合法可能是由于多种原因导致的。为了解决这个问题，建议您仔细核对参保信息、了解政策规定、选择合适的缴费基数和比例，并及时联系当地社保经办机构或拨打社保服务热线进行咨询和反馈。希望这些解答能够帮助您更好地理解和解决灵活就业社保缴费的问题。