针对店里查到五万元走私烟的罚款问题，需根据具体违法主体和情节，分情况讨论处罚标准，具体如下：

1. 若违法主体为个人（如店主个人经营）
   根据《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第九条，个人运输、携带、邮寄超过合理数量的自用物品未向海关申报，或逃避海关监管的，海关将没收走私物品及违法所得，并可处走私物品等值以下罚款。
   具体到本案：若五万元走私烟被认定为个人走私行为，罚款范围通常为0元至5万元（即走私物品等值以下），具体金额由海关根据走私情节（如是否初犯、是否配合调查等）综合裁量。

2. 若违法主体为单位（如店铺为法人或非法人组织）
   根据《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第十条，单位走私的，海关将没收走私物品及违法所得，并处走私物品等值以上、五倍以下罚款。
   具体到本案：若五万元走私烟被认定为单位走私行为，罚款范围通常为5万元至25万元（即走私物品等值以上、五倍以下），具体金额由海关根据单位走私规模、主观恶意程度等因素综合判定。

3. 若构成犯罪（如走私普通货物、物品罪）
   根据《中华人民共和国刑法》第一百五十三条，走私货物、物品偷逃应缴税额较大（10万元以上）或一年内曾因走私被给予二次行政处罚后又走私的，将追究刑事责任，处三年以下有期徒刑或拘役，并处偷逃应缴税额一倍以上五倍以下罚金。
   需注意：本案中五万元走私烟是否构成犯罪，需结合偷逃税款金额判断。若偷逃税款未达10万元，一般仅行政处罚；若达10万元以上，则可能面临刑事处罚，此时罚款（罚金）将由法院根据犯罪情节判定，可能远高于行政处罚标准。

补充说明：

• 走私烟的“价值”通常以实际成交价格或海关核定价格为准，需以海关出具的《价格认定书》为准。
  
• 除罚款外，走私物品（五万元香烟）将被依法没收，若已销售还需追缴违法所得。
  
• 若涉及烟草专卖许可问题（如未取得烟草专卖零售许可证），还可能面临烟草专卖行政主管部门的额外处罚（如吊销许可证、没收违法所得等）。
  

建议：若您或您的店铺涉及此类情况，建议尽快委托律师介入，通过配合海关调查、提交证据（如进货凭证、不知情证明等）争取从轻或减轻处罚。如有进一步疑问，可直接向我咨询。