否认合法的农村建房申请书，这一行为本身并不直接涉及是否要“依法依规”的问题表述，但核心在于否认行为若涉及对合法申请书的处理或回应，则必须依法依规进行。以下从几个角度详细分析：

1. 合法申请书的法律效力：

   • 农村建房申请书，一旦提交并经过相关部门审核认定为合法，即具有法律效力。这意味着申请书中的内容，如建房位置、面积、用途等，均受到法律保护，不得随意更改或否认。
   • 若有人试图否认这份合法的申请书，实际上是在挑战其法律效力，这通常不是个人或单位可以随意进行的，而需要依据法律程序，如通过行政复议、行政诉讼等途径。

2. 否认行为的合法性：

   • 否认合法申请书的行为，如果未经法律程序，而是私自进行，如通过威胁、贿赂等手段迫使相关部门或人员更改或否认申请书，那么这种行为本身就是违法的。
   • 即便否认行为是通过看似合法的途径进行，如提出异议或申请复议，也必须确保这一行为本身符合法律法规的规定，如提供充分的证据、遵循法定的程序等。

3. 依法依规处理否认行为：

   • 如果有人对合法的农村建房申请书提出否认或异议，相关部门或人员应当依法依规进行处理。这包括审查否认的理由是否充分、证据是否确凿、程序是否合法等。
   • 如果否认行为被认定为违法或不当，相关部门应当采取相应的法律措施，如撤销否认决定、对违法行为人进行处罚等，以维护法律的尊严和申请人的合法权益。

4. 法律后果与责任：

   • 否认合法的农村建房申请书，如果导致申请人遭受损失，否认行为人可能需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、恢复原状等。
   • 如果否认行为构成犯罪，如滥用职权、玩忽职守等，行为人还可能面临刑事责任的追究。

建议：

• 对于申请人而言，如果其合法的农村建房申请书被否认或受到挑战，应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何通过法律途径维护自己的合法权益。
• 对于否认行为人而言，应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规的规定，避免因不当行为而承担法律责任。

总之，否认合法的农村建房申请书并不是一个简单的行为，它涉及到法律效力的确认、否认行为的合法性审查、依法依规的处理以及可能的法律后果与责任。因此，在处理这类问题时，必须保持谨慎和理性，确保自己的行为符合法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。