已经中标但合同存在争议时，一般不能直接废标，但特定情形下可以采取相应措施。以下是对此问题的详细分析：
一、废标的一般原则与限制
废标，通常指的是在招标过程中，因出现法定情形或招标文件规定的情形，导致招标活动终止或中标结果无效。在已经中标的情况下，废标并非随意可行，而是需要满足一定的法律条件。一般来说，中标后合同争议并不直接导致废标，因为废标更多关联于招标过程本身的合法性、公正性等问题。
二、合同争议的处理方式
当中标后合同存在争议时，更常见的做法是通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径来解决争议，而非直接废标。这些方式旨在维护合同的稳定性和双方的合法权益，通过和平、理性的方式解决分歧。
协商：双方可以尝试通过友好协商，就争议事项达成一致意见，从而避免法律纠纷。
调解：如果协商无果，可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解达成和解协议。
仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成仲裁协议，可以将争议提交给仲裁机构进行裁决。
诉讼：如果无法通过协商、调解或仲裁解决争议，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
三、特定情形下的废标可能性
尽管一般情况下中标后合同争议不直接导致废标，但在某些特定情形下，如存在以下情况，可能涉及废标或合同无效的认定：
招标过程存在严重违法：如果招标过程存在严重违法情形，如串通投标、弄虚作假等，且这些违法行为直接影响了中标结果的公正性，那么中标结果可能被宣告无效，从而间接导致废标。但这种情况下的废标并非直接由合同争议引起，而是由招标过程的违法性导致。
合同内容违反法律法规强制性规定：如果合同内容违反了法律法规的强制性规定，如违反了国家关于招标投标的强制性规定，那么合同可能被认定为无效。但这种情况下的合同无效并不等同于废标，而是合同本身的法律效力问题。且合同无效后，双方可能需要根据法律规定和实际情况重新协商或采取其他补救措施。
四、建议与措施
针对已经中标但合同存在争议的情况，建议采取以下措施：
仔细审查合同条款：首先，双方应仔细审查合同条款，明确争议的具体内容和原因，以便有针对性地采取解决措施。
积极沟通协商：在明确争议点后，双方应积极沟通协商，尝试通过友好方式解决争议，避免法律纠纷的发生。
寻求专业法律帮助：如果协商无果或争议复杂难以解决，建议寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身合法权益。
关注合同履行情况：在争议解决期间，双方应继续关注合同的履行情况，确保合同能够按照约定履行或采取必要的补救措施。
如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。