公司法人确实有权依法追回被擅自持有的公司公章。这一权益的保障主要基于《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国公司法》等相关法律规定，这些法律明确指出公司公章属于公司财产，应由公司持有和控制。法定代表人作为公司的代表，肩负着维护公司权益、确保公章正确使用的职责和权限。

在追回公章的过程中，您可以采取以下步骤：

1. 沟通协商：

   • 首先，尝试与持有公章的股东进行友好沟通，明确表达要求对方归还公章的意愿，并阐述公章不当持有可能给公司带来的风险和不利影响。
   • 沟通过程中，保持理性和客观，避免情绪化表达，并妥善保留沟通记录等证据，以备后续需要。
   • 如果双方能够就公章返还达成一致意见，建议签订书面协议，明确返还的时间、方式等具体内容，以避免后续纠纷。

2. 依据内部治理机制解决：

   • 若协商不成，您可以提议召开股东会或董事会（具体根据公司章程规定），将公章的持有和使用问题作为议题进行讨论，并形成相关决议要求股东返还公章。
   • 合法有效的股东会或董事会决议具有法律效力，股东应当遵守。如必要，可通过决议更换公章保管人，并要求原持有公章的股东向新保管人移交公章。

3. 法律途径：

   • 如果内部协商和决议未能解决问题，您可以委托律师向持有公章的股东发送律师函，明确指出其持有公章的行为可能违反的法律法规和公司章程规定，要求其在一定期限内返还公章，并告知不返还可能面临的法律后果。
   • 若律师函仍无法促使股东返还公章，公司可以自己的名义向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，公司需提供充分证据证明公章的所有权属于公司以及股东持有公章没有合法依据。法院经审理后，如认定股东行为构成侵权或违反公司章程规定，会判决股东返还公章；若股东不履行判决，公司可申请强制执行。

4. 报案处理：

   • 若无法通过协商、内部治理机制或法律途径追回公章，且股东擅自持有公章的行为涉嫌盗窃或侵占公司财产等犯罪行为时，公司可向公安机关报案请求协助追讨。

在追回公章的过程中，您还需注意以下几点：

• 保护公司其他财产和权益：避免因追回公章而对公司造成更大的损失。
• 公章遗失或被窃的处理：若公章遗失或被窃，公司应立即向公安机关报案并在媒体上刊登遗失声明，同时办理新的公章。新公章的启用应做好戳记并留样保存以便备查。
• 建立健全公章管理制度：为避免类似情况再次发生，公司应建立健全的公章保管和使用制度，确保公章的安全和合规使用。

综上所述，公司法人有权依法追回被股东擅自持有的公司公章，并应根据具体情况选择合适的追回方式。在整个过程中，注重保留证据、保护公司合法权益并建立健全的公章管理制度是至关重要的。