结论：单位职工没有及时申请年报被行政处罚，罚款原则上应由单位承担，但具体责任承担还需结合单位内部规章制度、劳动合同约定以及职工过错程度等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

从法律责任主体角度

根据相关法律法规，年报申报是单位的法定义务，单位作为市场主体，应当对其年报申报行为负责。如果单位职工未及时申请年报导致单位被行政处罚，从法律责任主体来看，罚款应由单位承担。因为职工的行为是代表单位履行职务，其后果应由单位承受。例如，《企业信息公示暂行条例》等法规规定了单位应当按时公示年度报告的义务，若未履行则由单位承担相应法律责任。

从单位内部管理角度

1. 单位规章制度：如果单位内部有明确的规章制度规定，职工未及时申报年报需承担一定责任，如罚款、扣工资等，且该规章制度经过民主程序制定并已向职工公示，那么单位可以根据规章制度对职工进行一定的内部处罚。但这种内部处罚不能替代行政机关对单位的行政处罚，且内部处罚的金额和方式应合理合法，不能违反劳动法律法规的规定。
2. 劳动合同约定：若劳动合同中有明确约定，职工未及时申报年报需承担相应责任，单位在依据合同约定处理时，也需确保合同条款的合法性和合理性。例如，合同约定职工因故意或重大过失导致单位被行政处罚的，职工需承担部分罚款，这种情况下，单位可以要求职工承担相应责任，但同样不能超出合理范围。

从职工过错程度角度

1. 故意或重大过失：如果职工未及时申报年报是出于故意或重大过失，如明知年报申报期限却故意拖延、因疏忽大意导致错过申报期限等，单位在承担行政处罚后，可以向职工追偿部分或全部损失。但单位需承担举证责任，证明职工存在故意或重大过失。
2. 一般过失或无过错：如果职工未及时申报年报是由于一般过失或不可抗力等原因导致，如因系统故障、突发疾病等无法按时申报，单位则不应要求职工承担罚款责任。此时，单位应自行承担行政处罚，并积极采取措施避免类似情况再次发生。

建议：

• 单位应建立健全内部管理制度，明确年报申报的流程和责任分工，确保年报申报工作按时完成。
• 单位应加强对职工的培训和教育，提高职工的法律意识和责任意识，避免因职工疏忽导致单位被行政处罚。
• 如果单位因职工未及时申报年报被行政处罚，单位应首先承担罚款责任，然后根据单位内部规章制度、劳动合同约定以及职工过错程度等因素，合理确定是否向职工追偿以及追偿的金额和方式。

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