版权持有者不能直接向出版社申请书号。以下是具体分析：

1. 书号的申请流程与主体
   书号（ISBN，国际标准书号）的申请需通过具备出版资质的出版社完成。根据我国《出版管理条例》，只有依法设立的出版单位（如出版社）才有权申请书号，并需向国家新闻出版主管部门备案。版权持有者作为著作权人，虽拥有作品的著作权，但并非出版单位，因此不具备直接申请书号的主体资格。

2. 版权持有者的权利与出版社的角色
   版权持有者的核心权利包括复制权、发行权、信息网络传播权等，但出版行为（包括书号申请）需由出版社完成。若版权持有者希望出版作品，需与出版社签订出版合同，由出版社负责申请书号、编辑排版、印刷发行等流程。出版社在申请书号时，需对作品内容进行审核，确保符合国家出版管理规定。

3. 特殊情况说明

   • 自费出版或合作出版：若版权持有者通过自费出版或与出版社合作出版，仍需以出版社名义申请书号，版权持有者仅作为作者或合作方参与流程。
     
   • 电子书号：电子书号（用于电子出版物）的申请流程与纸质书号类似，仍需通过出版社完成，版权持有者无法直接申请。
     
   • 境外书号：若作品在境外出版，需遵守当地出版法规，但境内流通仍需符合我国相关规定，且境外书号在境内无效。

建议：若您是版权持有者并希望出版作品，可联系具备出版资质的出版社，签订出版合同后由出版社代为申请书号。若对出版流程或合同条款有疑问，可直接向我咨询，我将为您提供详细解答。